По воспоминаниям русского композитора и музыкального критика барона Б. А. Фитингофа-Шеля, внучатого племянника Петра Афанасьевича, в начале 1800-х годов Папков служил несколько лет в артиллерийском управлении под началом А. А. Аракчеева, а в 1806 году возглавил 14-ю артиллерийскую бригаду в чине бригадного командира. С нею он и принял участие в войне с Наполеоном, славно сражаясь при Гутштадте, Гейльсберге и Фридланде, за что получил прусский орден «Pour le Méеrite». В декабре 1807 года уволился со службы в отставку с награждением генерал-майорским чином. Но с 1808 по 1810 год Пётр Афанасьевич вновь находился на государевой службе. На сей раз на посту санкт-петербургского обер-полицмейстера, где также отличился и при переводе в таганрогские градоначальники был награжден орденом Георгия III степени. 31 января 1810 года Папков становится Таганрогским, Ростовским, Нахичеванским и Мариупольским градоначальником, главным попечителем купеческого судоходства по Азовскому морю и начальником Таганрогского таможенного округа, навсегда войдя в историю Приазовья. Вскоре после его вступления в должность на побережье Чёрного моря обрушивается чума. Опасаясь её скорого появления в Таганроге и других подвластных ему городах, Петр Афанасьевич воспрещает заход всех судов в Азовское море через Керченский пролив, не испросив на то даже дозволения высших властей. Что, впрочем, было свойственно Папкову, памятуя о его драгунском прошлом. И результаты впечатляют: от Приазовья было отведена страшная чума 1812 года, натворившая немало бед в других южнорусских провинциях империи. Но это решение имеет и другие последствия – из-за затянувшегося карантина Таганрог начинает терять своё значение как торгового порта, уступая первенство Одессе, извечной своей конкурентке. Одесское купечество и чиновничество активно продвигает идею о навечном затворении Таганрога в берегах лишь Азовского моря, перекрыв проход в Керчи, оставляя себе главную роль посредников при торговле хлебом.

Такая политика приводит к тому, что к 1815 году европейские цены на хлеб безудержно растут, а Одесса и Феодосия не справляются с нахлынувшими иностранными судами, из-за чего многие уходят пустыми. И снова Пётр Афанасьевич проявляет себя как истинный патриот города. Оставив пустые многомесячные хлопоты о возобновлении свободного плавания по Азовскому морю, он самовольно распоряжается открыть Керченский пролив. И через год, благодаря хлынувшим в порт за хлебом судам, Таганрог заметно оживает. Тут-то воодушевленный возросшим пополнением городской казны градоначальник и берётся за обустройство вверенного ему города и реконструкцию Таганрогской гавани. Правда, в делах ему часто вредит его всегдашняя грубость с подчинёнными, что вскоре плодит массу влиятельных врагов и недоброжелателей, особенно в среде греческого магистрата и купечества, неохотно расстающегося со своими давними торговыми преференциями.

Все это, а также нарушения по финансовой части, впрочем, вполне обычными для того времени, и послужит поводом для создания сенатской ревизии градоначальства, которая выявит упущения и недостатки, вследствие чего Пётр Афанасьевич Папков и покинет пост. Карьера его закатится, в этот раз уже навсегда. В отставке он поселился в своем имении – селе Красный Кут Славяносербского уезда Екатеринославской губернии, купленном еще в 1812 году у П. И. Штерича (1250 душ крепостных крестьян, 7 тысяч десятин земли), с головой погрузившись в разведение тонкорунных овец и ангорских коз. Да так, что стал членом Главного Московского общества улучшения овцеводства. Из-под его пера выходит ряд научных статей по проблемам овцеводства в «Журнале овцеводства»: «О стаде тонкошёрстных овец» (1833), «Об ангорских козах» (1833) и «О продаже ангорских коз» (1839). Кстати, не чужд был Петр Афанасьевич и промышленного производства: благодаря его стараниям в имении было налажено изготовление сукна на построенной им собственной фабрике.