До нас дошло чрезвычайно любопытно составленное им описание его «Хождения за три моря». От Твери до Астрахани он плыл Волгой и через Дербент и Баку пробрался в Персию. Будучи по дороге ограблен татарами и подвергаясь все время огромным опасностям, он прибыл наконец в Индию, где посетил множество городов и славный Эллорский храм. «Вер в Индии всех 84, – рассказывает он, – и все веруют в Будду, а вера с верою не пьет, не ест, не женится». Что нам особенно дорого в повествовании Афанасия Никитина – это горячая вера в Бога, которая не оставляла этого замечательного русского человека в самые тяжелые времена, и необыкновенно трогательная привязанность его к православию и к своей Родине. Описывая свои злоключения, он говорит: «Мне, рабу Божию Афанасию, взгрустнулось по вере; уже прошло четыре Великих поста, четыре Светлых Воскресенья, а я, грешный, не знаю, когда Светлое Воскресенье, когда пост, когда Рождество Христово и другие праздники, не знаю ни среды, ни пятницы; книг у меня нет; когда меня пограбили, то книги у меня взяли; я с горя пошел в Индию, потому что на Русь мне не с чем было идти, не осталось товару ничего… Господи Боже мой! На Тя уповаю, спаси мя! Пути не знаю, как выйти из Индостана; везде война! А жить в Индостане – все истратишь, потому что у них все дорого: я один человек, а по два с половиною алтына в день издерживаю, вина и сыты не пью». Наконец Никитин благополучно вернулся домой через Персию, Черное море и Кафу.

Огромное значение, как и в прежние времена, имело при Иоанне III наше духовенство.

В начале его великого княжения митрополитом Московским был Феодосий, старец ревностный и добродетельный, который чрезвычайно способствовал своим усердием охранению в неприкосновенности величайшей христианской святыни – храма Гроба Господня. В Иерусалиме в это время как раз было большое землетрясение, от которого пал купол в означенном храме. Когда об этом узнал египетский султан, коему была подвластна Святая земля, то он решил уничтожить храм до самого основания и поставить над Гробом Господним мечеть. Иерусалимский патриарх Иоаким умолил его, однако, не делать этого, и султан согласился на его просьбу при условии, если ему внесут огромные по тогдашнему времени деньги: 5500 итальянских золотых. Для сбора этих денег патриарх намерен был сам ехать в Россию, но по дороге заболел и скончался в Кафе, а вместо него прибыл его племянник Иосиф, которому Феодосий своим усердным старанием и помог собрать на Руси нужные деньги и тем спасти Гроб Господень от мусульманского поругания.

Будучи крайне недоволен многими священниками, ведшими неправедную жизнь, Феодосий очень вооружался против этого, еженедельно собирал многих из них для поучения, постригал вдовых в монахи, расстригал нераскаявшихся и в конце концов навлек на себя сильное неудовольствие паствы, так как многие церкви остались без священников. Тогда ожидали конца мира, и великое множество частных людей имело свои домовые церкви. Крайне удрученный этим неудовольствием, Феодосий отказался от митрополии, заключился в Чудовом монастыре и, взяв себе в келью одного прокаженного старца, ходил за ним до конца жизни, сам омывая его смрадные струпья.

Ближайшим преемником Феодосия были Филипп, а затем Геронтий; Филипп, как мы помним, не допустил, чтобы несли латинский крыж пред кардиналом, приехавшим с царевной Софией, а Геронтий был одним из увещавших Иоанна вступить в битву с Ахматом на реке Угре.

Из епископов, святительствовавших при Иоанне III, кроме известного уже нам Вассиана, знаменитого своим горячим словом во время того же нашествия Ахмата, стяжал себе неувядаемую память чудовский архимандрит, а впоследствии новгородский архиепископ Геннадий как горячий ревнитель православия, немало пострадавший за него своей непоколебимой стойкостью, но успевший к концу своей деятельности оградить Русскую церковь от крайне пагубного и тлетворного вторжения в ее недра жидовства