Конечное покорение этих земель завершено было в 1499 году. Князь Семен Курбский с другими воеводами, предводительствуя 5 тысячами человек, плыл разными реками до Печоры, заложил здесь крепость и 21 ноября отправился на лыжах к Уральским горам, к знаменитому Каменному поясу. «Сражаясь с усилием ветров и засыпаемые снегом, – говорит Н.М. Карамзин, – странствующие полки великокняжеские с неописанным трудом восходили на сии во многих местах неприступные горы, где и в летние месяцы не является глазам ничего, кроме ужасных пустынь, голых утесов, стремнин, печальных кедров и хищных белых кречетов, но где под мшистыми гранитами скрываются богатые жилы металлов и цветные камни драгоценные». Пройдя таким путем 4650 верст и совершая свои передвижения зачастую при свете северного сияния, наши неустрашимые воины достигли городка Ляпина (ныне Вогульское местечко в Березовском уезде), где съезжались все местные владельцы, предлагая мир и вечное подданство московскому великому государю. Каждый из этих князьков сидел на длинных санях, запряженных оленями. Воеводы Иоанновы ехали также на оленях, а воины – на собаках. Всего за этот поход было взято 40 укрепленных городов. Таким образом, благодаря необыкновенному мужеству русских воинов и их преданности своему государю они покорили за много тысяч верст от Москвы обширную область.

В 1484 году Иоанн потерял свою мать инокиню Марфу; к этому времени из братьев его остались в живых только двое: Андрей Углицкий, или Большой, и Борис Волоцкой, так как Андрей Меньшой умер еще в 1480 году. Смерть матери была, конечно, большой утратой для Иоанна, но неизмеримо большей явилась она для Андрея Углицкого, который был ее любимцем, почему, уважая мать, государь и прощал ему многое. К несчастью для себя, Андрей не хотел понять перемены в своем положении после кончины матери, как не понимал и глубоких перемен, происходивших во всем Московском государстве во время великого княжения своего мудрого брата. Он боялся его, хотел бежать в Литву и вместе с тем не исполнял его воли. Наконец в 1491 году в явное нарушение договора с Иоанном Андрей не послал свои полки вместе с великокняжескими на помощь Менгли-Гирею против татар Золотой Орды; тогда Иоанн решил его заточить. Он пригласил к себе Андрея, спокойно поговорил с ним, потом вышел, а в горницу вошел князь Семен Ряполовский со многими князьями и боярами и, обливаясь слезами, едва мог сказать Андрею: «Государь Андрей Васильевич! Пойман ты Богом, да государем, великим князем всея Руси, братом твоим старшим», – после чего Андрей был лишен свободы до конца своих дней.

Митрополит, памятуя святую обязанность православных пастырей печаловаться за несчастных, стал просить об освобождении Андрея. Но государь отвечал ему: «Жаль мне очень брата, и я не хочу погубить его, а на себя положить упрека; но освободить его не могу, потому что не раз замышлял он на меня зло, потом каялся, а теперь опять начал зло замышлять и людей моих к себе притягивать. Да это бы еще ничего, но когда я умру, то он будет искать великого княжения над внуком моим, и если сам не добудет, то смутит детей моих и станут они воевать друг с другом, а татары будут Русскую землю губить, жечь и полонить, и дань опять наложат, и кровь христианская опять будет литься, как прежде, и все мои труды останутся напрасны, а вы будете рабами татар». Так, для блага своего государства подавлял в себе Иоанн родственные чувства к брату. Что же касается Бориса Волоцкого, то он держал себя сравнительно сносно и его не тронули до конца жизни; он оставил свои удельные владения двум сыновьям, которые перешли к великому князю Московскому только после их смерти.