Злодеи перехватали также великокняжеских бояр, но о двух малых сыновьях Василия, Иоанне и Юрии, они впопыхах забыли. Эти двое детей убежали следующей ночью с верным слугою к князю Ивану Ряполовскому в его село, откуда он, взявши всех людей и своих братьев, Семена и Димитрия, ушел в Муром, где заперся.

Между тем пленного великого князя ослепили в Москве и сослали в Углич с женою; мать же, Софью Витовтовну, отослали в Чухлому.

Брат жены великого князя – князь Василий Ярославович Серпуховский – вместе с князем Семеном Оболенским бежали в Литву, где их приняли с честью и дали богатые волости для кормления. Часть бояр Василия убежала в Тверь, другая же присягнула Шемяке, но один из них, доблестный Феодор Басенок, смело объявил, что не будет служить варвару и хищнику, вокняжившемуся в Москве. Шемяка велел его заковать в железо, но Басенок сумел бежать в Литву и соединиться с Василием Ярославовичем Серпуховским и Семеном Оболенским.

Скоро Шемяка должен был убедиться, что все благомыслящее население против него. Опасаясь всеобщего негодования, он не дерзнул послать войска против 6-летнего сына Василия Иоанна и его младшего брата Юрия, находившихся в Муроме с Ряполовскими, а хотел заманить их в свои руки путем коварства. Для этого он призвал всеми уважаемого рязанского епископа Иону и сказал ему: «Поезжай в Муром, свою епископию, и возьми на свою епитрахиль детей великого князя Василия, а я с радостью их пожалую, отца выпущу и вотчину дам достаточную». Владыка поверил этому и отправился в Муром. Здесь князья Ряполовские после краткой думы решили исполнить волю Шемяки, так как они опасались, что иначе он возьмет город приступом. Тогда Иона пошел в церковь, отслужил молебен Богородице, взял детей и привез их Шемяке. Но Шемяка его обманул. Он ласково принял малюток, угостил их обедом, а затем отправил в Углич в заточение вместе с отцом.

Однако у Василия Васильевича осталось, несмотря на свое ослепление и заточение, много верных и преданных слуг. Во главе с доблестным Ряполовским и князем Иваном Стригою-Оболенским они составили заговор, в котором участвовало много детей боярских, причем сговорились сойтись в Угличе в Петров день, чтобы освободить своего природного государя. Хотя освобождение это не удалось, так как Шемяка заблаговременно проведал про их замыслы, но вместе с тем последний испугался этого всеобщего движения в пользу заточенного им Василия и стал думать, что ему делать с ним дальше.

Громче всех против Шемяки говорил Иона, исполнявший в это время обязанности митрополита. Он прямо укорял Шемяку в коварстве и лжи и настойчиво требовал освобождения Василия.

Наконец, видя, что весь народ на стороне несчастного слепца, заточенного в Угличе, Шемяка решил в 1446 году с ним примириться и посадил Василия с семьей на удел в Вологду, что, конечно, было тоже родом заточения, взявши с него клятвенную запись, или так называвшуюся тогда проклятую грамоту, не искать великого княжения. Но, как только Василий прибыл в Вологду, тотчас же его приверженцы кинулись к нему со всех сторон. Вскоре он поехал помолиться в Кирилло-Белозерский монастырь. Игумен этого монастыря Трифон от своего имени и всех старцев прямо объявил Василию, что долг его, завещанный предками и святым чудотворцем Петром, идти искать великого княжения Московского для пользы Русской земли. Что же касается до проклятой грамоты, данной Шемяке, то она, будучи вынужденной, не есть законная, при этом он добавил: «Да будет грех клятвопреступления на мне и на моей братии! Иди с Богом и правдою на свою отчину, а мы, государь, за тебя будем молить Бога».