Наконец Стоглавый собор обратил внимание на разные бесчинства и суеверия и запретил заниматься злыми ересями и волхвованием, а также уже знакомые нам: Рафли, Шестокрыл, Аристотелевы Врата и другие отреченные книги.
Таковы были глубокие и обширные преобразования, задуманные 20-летним Иоанном, для проведения которых в жизнь им были собраны соборы: 1550 года – Земский и 1551 года – Церковный.
Летописи, к сожалению, не дают нам никаких подробностей о жизни государя за это время, а также не дают и точных указаний о том, каким образом были подготовлены эти преобразования и кому именно из приближенных к нему лиц принадлежала та или иная мысль, так как, очевидно, сам Иоанн, не будучи еще достаточно знаком со строем государственного и церковного управления, не мог единолично наметить все преобразования.
Без сомнения, выдающееся значение во всех начинаниях Иоанна принадлежало митрополиту Макарию, старцу, уже подошедшему к 70-му году жизни и беспредельно преданному православию, Родине и своему молодому государю, причем величайшей заслугой Макария было возбуждение в Иоанне благородного честолюбия путем указания ему великих задач, лежащих на московских государях. Конечно, по совету Макария Иоанн венчался на царство, что, может быть, было неприятно некоторым из его бояр, так как еще более возвышало его над ними, но должно было давно совершиться ввиду роста Московского государства, а главное, ввиду перехода к Москве, после взятия Царырада турками, значения Третьего Рима, почему московский государь и являлся верховным охранителем единой истинной православной веры. Макарию же, без сомнения, принадлежала мысль о созыве Церковного собора, а, может быть, также и Земского. Но, как и подобает истинному и верному царскому слуге, Макарий нигде не выставлял свою деятельность напоказ, а делал все так, что виновником всех благих преобразований являлся Иоанн, причем по существу дела это было вполне правильно, так как от царя зависело – принять или нет данный ему совет, и царь же нес все последствия за созданные им мероприятия.
К важным сторонам деятельности Макария следует отнести также составление по его поручению подробных житий, или Большой Четьи минеи, всех русских святых и написание Степенной книги, начатой митрополитом Киприаном, в которой последовательно, по степеням, изложено государствование всех русских великих князей с древнейших времен.
По поручению Макария же было предпринято составление большой летописи, так называемой Никоновской, и, вероятно, также и Софийского (Новгородского) временника. Наконец, при Макарий же начался и расцвет русской живописи; большая часть житий святых были, несомненно, написаны или начаты своим написанием именно по благословению митрополита Макария.
Рассматривая в настоящее время, более чем через 300 лет, огромные тома этих лицевых летописей и житий святых, в которых каждое малейшее событие прошлого Русской земли не только тщательно записано, но и украшено соответствующим рисунком, невольно проникаешься великим уважением и сердечным умилением к составителям этих летописей и живописцам за их горячую любовь к Родине, выразившуюся в этой огромной работе, и ясно понимаешь, чем именно Московское государство было крепко: глубокой преданностью и любовью к своей стране и заветам отцов. Ни в одном государстве Европы, да и вообще во всем мире, нет таких богато украшенных рисунками летописей или житий святых, как у нас. К сожалению, почти никто из составителей этих летописей и живописцев, украшавших их изображениями, не оставили нам на память, из смирения, своих имен на их удивительных произведениях. К сожалению также, строго придерживаясь в иконописании древних образов, они не выучились писать изображений с живых людей, почему у нас почти нет портретов русских государей и выдающихся личностей XVI века, а немногие из имеющихся едва ли передают правильно черты лица тех особ, с которых они писаны.