Во время пожара Иоанн удалился с супругой за Москву-реку в село Воробьеве На следующей день он навестил едва не сгоревшего и сильно расшибленного митрополита Макария в Новоспасском монастыре. Здесь князь Феодор Скопин-Шуйский, Иван Челяднин, некоторые другие бояре и царский духовник, протопоп Благовещенского собора Феодор Бармин стали говорить, что Москва сгорела волшебством; какой-то чародей вынимал человеческие сердца, мочил их в воде и затем кропил ею город, после чего и поднялся пожар. Царь придал этому веру и приказал произвести розыск. Розыск был произведен через два дня следующим образом: бояре приехали в Кремль на площадь и спросили окружавшую их толпу: «Кто сжег Москву?» Тогда из толпы послышались голоса: «Глинские! Глинские! Мать их княгиня Анна вынимала сердца из мертвых, клала в воду и кропила ею все улицы, ездя по Москве. Вот отчего мы сгорели».

Нет сомнения, разумеется, что весь рассказ об этих вынутых сердцах и ответы из толпы были подстроены боярской партией, недовольной господством Глинских. Сама княгиня Анна, бабка государя, с сыном Михаилом находилась в отъезде в своем поместье, но другой ее сын Юрий был на площади, слышал это нелепое обвинение и ужаснулся, увидя ярость черни. Он кинулся, чтобы спастись, в Успенский собор, но освирепевший народ бросился за ним, и родной дядя государя был убит тут же, в храме Божьем. Затем чернь начала грабить двор Глинского, причем было убито множество его слуг и других людей; бояре же, видя эти неистовства, ничего не предпринимали, как будто в Москве не было в это время никакой власти. Мало того, они, очевидно, решили, что надо непременно освободиться и от всех остальных Глинских, так как на третий день после описанных убийств, вероятно, по их наущению, огромная толпа народа двинулась к селу Воробьеву, остановилась перед царским дворцом и стала требовать выдачи ей бабки государевой, княгини Анны Глинской, и ее сына князя Михаила, спрятанных будто бы в царских покоях.

Молодой Иоанн, однако, не потерялся. Он приказал схватить несколько главных крикунов и тут же казнить их, после чего мятеж тотчас же утих, и толпа отхлынула в Москву.

Узнав об этом происшествии, Михаил Глинский, бывший с матерью в деревне, хотел бежать в Литву, но был по дороге захвачен и затем заключен под стражу; его скоро простили; однако после описанных происшествий господство Глинских окончилось. Вместе с тем окончилось и своеволие бояр.

Последний пожар московский, убиение князя Юрия Глинского и вид мятежной толпы у самого дворца государева, требовавшей выдачи его бабки и дяди, сильно подействовали на впечатлительного Иоанна. Он решил править своим государством самостоятельно, как подобает самодержавному царю. Конечно, в этом решении он нашел полную поддержку как со стороны нежно любящей жены, так и в маститом старце митрополите Макарии, бывшем ему истинным отцом.

При этом Иоанн, окончательно разочаровавшись в старых боярах, стал заметно отличать двух, до той поры мало кому известных, но близких ему людей, которым он вполне доверял. Один из них был молодой Алексей Адашев, человек незначительного происхождения, занимавший должность царского постельничего, а другой был священник Благовещенского собора, именем Сильвестр; надо думать, что государь давно уже знал его с хорошей стороны; этот Сильвестр был очень дружен с двоюродным братом Иоанна – Владимиром Андреевичем Старицким, который не замедлил сблизиться с Иоанном после своего освобождения из темницы.

Скоро последовали две свадьбы в царской семье. Иоанн женил своего родного брата Юрия на княжне Ульяне Паленкой, а Владимира Андреевича Старицкого на девице Евдокии Нагой.