Оборотная сторона этой богословской целостности проявилась в первый же год введения Устава 1884 г. Студентам выпускного курса (1884/85) Святейшим Синодом было указано «вследствие изменения характера и значения последнего курса» прослушать лекции по всем общеобязательным предметам, которых они не изучали на предыдущих трех курсах в своих отделениях[443]. Было проведено чтение сокращенных курсов со сдачей экзаменов. Сокращенные и неизбежно поверхностные курсы дискредитировали и идею преподавательской специализации, и идею полноты богословского образования, а старые проблемы – многопредметность и неосуществимый универсализм – встали перед академиями с еще большей остротой, чем в 1860‑е гг. Научное развитие учебных дисциплин, 15-летние настойчивые призывы к развитию наук, общий настрой студентов на научные занятия обусловили тяжелое переживание этой ситуации и негативное восприятие Устава 1884 г.[444] Для многих студентов этого курса была потеряна возможность сделать свой вклад в богословскую науку и настроиться на тему, которой в дальнейшем можно было бы посвятить свои труды. Пропали труды 3‑го курса, на котором лучшие студенты пытались наметить перспективы для магистерской диссертации. Многие разочаровались в учебном процессе и оставили научные занятия. В МДА преподавательская корпорация постаралась смягчить для студентов-выпускников тяжесть павшей на них нагрузки. Это имело определенный успех: из 97 выпускников 1885 г. (из них 17 магистрантов) шестеро смогли продолжить свои научные работы и впоследствии защитить магистерские диссертации[445]. В СПбДА из выпуска 1885 г. защитили магистерские диссертации двое[446]. Для КДА была очень показательна научная судьба выпускника 1884 г. Авксентия Стадницкого – будущего митрополита Арсения. Оставив, как и прочие его однокурсники, научные занятия на выпускном курсе, он в дальнейшем, уже служа преподавателем в Кишиневской ДС, занялся церковно-историческими исследованиями. Результатом была магистерская диссертация, посвященная митрополиту Кишиневскому Гавриилу Банулеско-Бодони и защищенная через 9 лет после выпуска, в 1894 г., а в дальнейшем – и докторская диссертация по историографии Молдавской Церкви, защищенная еще через 10 лет, когда диссертант был уже епископом Псковским и Порховским[447]. В КазДА из выпуска 1885 г. лишь один студент в дальнейшем – через 9 лет после выпуска – защитил магистерскую диссертацию[448].

Таким образом, концепции высшего богословского образования, предложенные Уставами 1869 и 1884 гг., представили два крайних варианта включения в учебный процесс научной составляющей. Положительные и отрицательные стороны имели и попытки активного вовлечения студентов-богословов в исследовательский процесс, на котором настаивали авторы Устава 1869 г., и последовательное обучение некоторым приемам научной работы на школьных примерах в рамках базовых курсов, которое предлагалось Уставом 1884 г. Реализация этих концепций, хотя и осложненная дополнительными проблемами и обстоятельствами, дала русской духовной школе опыт, который надо было учитывать и использовать для построения более удачных моделей научного богословского образования.

В середине 1890‑х гг., при подготовке новой реформы духовных академий, о бесплодной судьбе которой говорилось выше, на научную составляющую учебного процесса было обращено особое внимание[449]. Во всех проектах, мнениях, аналитических записках, составленных в эти годы в духовно-академической среде, отмечалось ослабление богословско-научной деятельности студентов и выпускников академий. Это проявлялось в слабости кандидатских сочинений, малочисленности магистерских диссертаций и практическом отсутствии докторских диссертаций выпускников, не относящихся к корпорациям духовных академий