Но с каждым из циклов-отделений были связаны и свои проблемы. В связи с младшим – философским – отделением неизбежно вставал вопрос: имеет ли оно исключительно педагогическую и подготовительную задачи или же и собственную научную. То есть следует ли научно развивать небогословские науки в высшей духовной школе и привлекать к этому студентов? Так как единая концепция для небогословских наук в высшем богословском образовании так и не была выработана, главные задачи для этих наук диктовало педагогическое будущее выпускников академий. Упразднение «наук по выбору» (1842–1844) сделало младшее отделение слишком разнообразным, многопредметным[390]. При таких условиях основной становилась не проблема включения в учебный процесс научных элементов, а проблема сохранения в этом процессе фактологической насыщенности, более или менее полноценного представления о самой небогословской науке. Такая постановка не только не способствовала, но в некоторой степени мешала дальнейшему осмыслению места и значения небогословских наук в научном богословском образовании, а богословия – в системе наук в целом.

Следует отметить, что не только в начале деятельности преобразованных академий, но и в дальнейшем, при достаточно развившейся богословской составляющей, некоторые преподаватели небогословских дисциплин умели заинтересовать студентов больше, чем богословы. Так, при переходе в старшее, богословское, отделение студенты МДА середины 1850‑х иногда разочарованно замечали, что богословские лекции «гораздо менее занимательны, менее доставляют пищи для ума, чем лекции младшего курса»[391]. Конечно, многое зависло от личности преподавателя. В МДА в эти годы небогословские науки читали яркие личности: философию – В. Д. Кудрявцев, словесность – Е. В. Амфитеатров, гражданскую историю – С. К. Смирнов, физику и математику – протоиерей Петр Делицын. Этим отчасти можно и объяснить особый интерес в КДА к философским наукам, которые читали протоиерей Иоанн Скворцов, О. Г. Михневич, П. С. Авсенев (архимандрит Феофан), С. С. Гогоцкий, к общей словесности, которую читали Я. И. Крышин ский и Я. К. Амфитеатров. В КазДА у многих студентов проявлялось желание основательнее заняться гражданской историей под влиянием П. В. Знаменского. Следует иметь в виду и то, что преподавали небогословские науки за редким исключением выпускники самих академий, то есть лица, имевшие высшее богословское образование. Но интерес студентов, вставших на путь богословской специализации, к небогословским наукам вновь и вновь ставил вопрос о месте богословия в системе наук, о сложном сочетании и взаимопроникновении богословского знания и других сфер человеческого знания.

Разумеется, главные проблемы были связаны с богословским образованием как таковым. При переходе на второй – богословский – цикл естественно было бы ждать повышения научного уровня преподавания, то есть постановки научных проблем, освоения исследовательских элементов, знакомства с существующими научными школами и традициями. Но на начальном этапе такая постановка была невозможна, поэтому все заявления об «учености» давались «на вырост». Научным образование должно было стать в дальнейшем, в процессе его совершенствования. При этом научная деятельность преподавательских корпораций и введение научных элементов в учебный процесс были взаимообусловлены. Без «школьного» освоения научно-исследовательских принципов и методов трудно было учиться этому в одиночку, а гарантом включения научной составляющей в образование студентов должна была стать научная работа членов преподавательских корпораций. Такая же взаимосвязь существовала между научным уровнем образования и общей постановкой учебного процесса в академиях. Научные занятия потребовали бы более тесного общения преподавателей и студентов, ибо заниматься наукой с аудиторией около 100 человек было невозможно. Но каких-то специальных занятий с группами студентов предусмотрено не было. Эти связи иногда казались замкнутыми, неразрывными кругами. Личными усилиями членов корпораций развитие богословия все же осуществлялось, научные изыскания велись, хотя и не столь активно, как хотелось. Но единственная возможность профессионального преемства «учитель – ученик» подразумевалась в работе над сочинениями. Только от этого процесса на первом этапе, до 1869 г., можно было ожидать научного возрастания. Сочинения составляли важнейший элемент высшего духовного образования, и отношение к ним, не теряя общей значимости, претерпевало по мере развития академий серьезные метаморфозы. Возрастающие научные требования к богословскому образованию постепенно выявляли «жанровую ограниченность такой постановки учебного процесса. Научная подготовка требовала более активного участия студентов и в освоении имеющегося богословского знания, и в его приращении.