Совет возглавлялся ректором и ведал всеми научными, учебными и воспитательными делами академии, однако наиболее значимые из них представлялись на утверждение епархиального преосвященного или Святейшего Синода. Этот орган в трактовке Устава 1869 г. был довольно сложным учреждением. Было выделено пять видов заседаний Совета – обыкновенные, общие, открытые, чрезвычайные и торжественные, и для каждого вида заседаний полагался свой особый состав. Для обыкновенных заседаний, решавших текущие вопросы учебно-воспитательного процесса и организации жизни академии, в Совет собирались кроме ректора инспектор, помощники ректора по отделениям и выборные представители отделений (по два от каждого) из ординарных и экстраординарных профессоров. Для решения особо важных дел устраивались общие собрания Совета, в составе всех профессоров академии, ординарных и экстраординарных, с правом решающего голоса, а при надобности и всех остальных преподавателей с правом совещательного голоса. Часть вопросов, связанных с научной аттестацией, принадлежали как раз к этому разряду дел. Однако публичная защита магистерских и докторских диссертаций, введенная Уставом 1869 г., выходила за пределы этих дел и совершалась на открытых заседаниях Совета (диспутах), куда, кроме всех преподавателей академии, приглашались и все желающие, то есть студенты академии и внешние лица. Чрезвычайные заседания Совета собирались каждый раз по особым поводам, не предусмотренным стабильным ходом учебных, воспитательных, научных, организационных дел, а также, если возникала необходимость, в вакационное время. Некоторые проблемы научной аттестации, неожиданно возникавшие коллизии также решались на таких заседаниях, хотя это зависело от академии и ректора. Раз в год, обычно в актовый день академии, устраивались торжественные собрания Совета в присутствии студентов и особо приглашенных лиц, на которых читался отчет о состоянии академии за год, в том числе отчет обо всех ученых диссертациях, рассмотренных Советом, диссертационных диспутах и присужденных ученых степенях[136]. Через Совет вся корпорация могла участвовать в организации научного и учебного процесса.
Немалую роль в научной аттестации при действии Устава 1869 г. играли отделения академий. Именно на заседаниях отделений, в которых участвовали все преподаватели данного отделения, происходило первое рассмотрение и первая оценка диссертаций, представляемых на соискание кандидатских, магистерских и докторских ученых степеней, обсуждение тем, которые давались студентам для кандидатских сочинений, производство магистерских, выпускных и переводных экзаменов и обсуждение мероприятий по подготовке к этим экзаменам