Принятие универсала вызвало в Петрограде взрыв возмущения и обвинений в адрес Центральной Рады в «нелояльности», «анархизме». Появились заявления в прессе о том, что это «нож в спину революции», призывы «оружием покарать изменников» и «австрийских шпионов». Особое возмущение вызвало создание Генерального секретариата Центральной Рады – нового правительства на украинских землях. Коалиционный Генеральный секретариат представлял собой подобие Совета министров для автономной Украины. Возглавил секретариат и стал в нем еще и секретарем внутренних дел В. Винниченко. Петлюра вошел в состав Центральной Рады и был избран генеральным секретарем (министром) военных дел. Но он, правда, так и не был избран в Малую Раду (Президиум Центральной Рады), где выносились главные политические решения. Грушевский и Винниченко думали держать Петлюру «на расстоянии» от большой политики, только как специалиста по «военной части».

К удивлению многих, украинские идеалисты, не имеющие серьезной поддержки в финансовых кругах, становились параллельной властью. С июня 1917 года в Украине сложилось двоевластие Временного правительства и Центральной Рады. Но военное командование все еще отказывалось от каких-либо контактов с Генеральным комитетом, несмотря на то что стихийная украинизация армии уже началась.

Страна тем временем жила предчувствием «великой битвы революции». Временное правительство, фактически отказавшись от лозунга «обороны революционного Отечества», решило провести широкомасштабное наступление на фронте. Керенский, рассчитывая на победу, видел в наступлении возможность укреплении власти, да и французские союзники требовали от России решительного наступления, которое бы поддержало наступление Антанты в Шампани и Фландрии.

Провал июньского наступления привел к общероссийскому кризису, заставил Временное правительство мыслить более реалистично. В конце июня в Киев для урегулирования отношений с Центральной Радой прибыли министры Временного правительства. Во время переговоров Петлюра предложил Керенскому провести украинизацию всех тыловых частей в Украине и перевести солдат-украинцев с других фронтов на Юго-Западный и Румынский фронты. Керенский требовал не торопиться с украинизацией, не хотел он слышать и о придании Генеральному комитету прерогатив официального военного органа. «Умолить» его удалось только на согласие комплектовать новые запасные части путем добровольного набора из украинцев. Керенский, согласившись с идеей автономии «в принципе», призвал Центральную Раду отложить решение об автономии до созыва Всероссийского Учредительного собрания.

3 июля Центральная Рада издала II универсал, в котором отступила от своих радикальных требований автономии. Было решено, как и требовал Керенский, воздержаться от провозглашения автономии Украины до Учредительного собрания. На эти уступки Центральная Рада пошла в обмен на признание Временным правительством временного краевого правительства Украины – Генерального секретариата.

В тот же день 3 июля на заседании Малой Рады Симон Петлюра огласил свой первый приказ в качестве законного военного министра о немедленной отправке на фронт украинизированного полка имени Богдана Хмельницкого (2600 штыков). Но полк отказался идти на фронт, а солдаты заявили, что желают «защищать революцию – охранять Центральную Раду». Такое поведение единственного украинского полка ставило под сомнение саму идею украинизировать армию.

Этим кризисом стремилась воспользоваться группа Михновского, подняв на бессмысленный бунт второй украинский полк имени гетмана Полуботка (4600 штыков), который также не желал выезжать на фронт, заявляя о своей «миссии» – охране «воли Украины».