Пустозерск действительно смог обеспечить надежную связь европейской части страны с зауральской, «закаменной» самоядью[165]. Каждой зимой в период ясашного сбора здесь проводились торговые ярмарки. К их началу в Пустозерск «подкорчевывало» до трех тысяч самоядов (с XVIII века их стали называть самоедами) с оленями, пушным товаром и моржовым клыком, съезжались русские купцы из Архангельска, Холмогор, с Пинеги, Мезени, Вологды и даже из Москвы. Главным же средством заработка жителей Пустозерского уезда были морские промыслы. Сначала Пустозерск превратился в центр, откуда промышленники из других регионов России ходили в экспедиции в самое устье Печоры, в Болванскую губу, затем на арктические острова Колгуев, Новую Землю, Вайгач, а наиболее предприимчивые и отважные пустозерцы сами «в неуклюжих баркасах… в конце XVI и в начале XVII веков пускались морем в Обскую губу и далее в р. Таз и в Мангазею».

Вскоре для них промысловые поездки в Сибирь стали обыденными. Хорошо изведав пути в Мангазею, пустозерцы пошли на Енисей и, обосновавшись там, перебрались на Лену и еще дальше на восток. К примеру, известно, что летом 1643 года группа промышленных людей во главе с Иваном Корепановым[166], представителем ранее широко распространенной в Пустозерске фамилии, совершила переход на кочах из Индигирки в Жиганск[167].

Так бы и развивался Пустозерск, приобретая выгоды от открытия в нем в 1597 году таможни, если бы не Смутное время, начавшееся на Руси уже на следующий год после того открытия. В условиях бесконтрольности со стороны властей расцвела контрабанда, в первой декаде XVII века в Пустозерске вовсю хозяйничали английские и датские купцы в обход таможни. В 1620-х годах царские власти принялись наводить на Севере жесткий порядок, даже чрезмерно жесткий, включая запрет любым торговцам, невзирая на их государственное подданство, проходить на Мангазею через Вайгач и Ямал. Тем самым путь из Пустозерска на Мангазею стал почти исключительно речным, неудобным, и уральский город начал медленно, но неуклонно увядать.

Ужесточением правил воспользовались карачеи (харючи), самый влиятельный ненецкий род. Они занялись, как сегодня принято называть, «серым бизнесом», перехватили прежний торговый заработок Пустозерска и в результате обзавелись арсеналом огнестрельного оружия, подчинили себе другие племена, перешли к разбоям. Так, в 1644 году карачеи захватили в плен не успевших скрыться за стенами острога женщин и детей, в 1661 и 1663 годах убили воеводу, разграбили город и сожгли острог, в 1668 году разорили рыбацкие промысловые избы и тони.

Трудности усугублялись тем, что пахотного земледелия в Пустозерском уезде не было из-за неблагоприятных климатических условий: это «место тундряное, студеное и безлесное, и зимою порою, тундра с водою смерзается». Вот и кормились пустозерцы, лишенные былых торговых доходов, только «зверем, да рыбою, да травою» и хлебом, когда удавалось его выменять на рыбу и пушнину. В переписных книгах уезда нередко делались такие записи: «умерли с голоду всей семьей в прошлых годех», «обнищал до конца, скитается меж дворов з женою и детьми», «кормятся по миру работой и христовым подаянием».

К середине XVII века Пустозерск, как и через сотню лет после того Верхоленск, стал местом ссылки и заключения. Здесь содержались участники восстаний Степана Разина и Кондратия Булавина, сюда же был сослан предводитель старообрядчества протопоп Аввакум со своими сподвижниками[168]. Четырнадцать лет просидел Аввакум на хлебе и воде в земляной тюрьме в Пустозерске, но продолжал свои проповеди, рассылал грамоты и послания. Очередное резкое письмо к царю Федору Алексеевичу с осуждением действий его отца Алексея Михайловича и патриарха Иоакима привело в 1681 году к сожжению Аввакума и его товарищей в пустозерском срубе.