С юго-запада к собору примыкала шатровая колокольня, с северо-запада – открытая каменная лестница. Колокольня и лестница разобраны в конце XVIII в. Многочисленные пожары и возобновления после них привели к большим изменениям в облике собора. В конце XVIII века разобрали колокольню и лестницу. Роспись интерьеров переделывалась в 1740 году и в 1782–1783 годах.

В 1967 году реставраторы постарались придать храму облик, близкий к сложившемуся на 1684 год. В какой степени им это удалось, проверить вряд ли когда-нибудь удастся.

Вторым элементом монастырского комплекса является Братский корпус, проще говоря, монашеские кельи. Жилых построек конца XVII века сохранилось меньше, чем храмов, а потому это скучное и монотонное на вид сооружение вызвало особое внимание реставраторов. Выяснилось, что корпус сохранил многие элементы русской жилой архитектуры, которые безвозвратно утрачены в других аналогичных постройках, например, узкие внутристенные лестницы, устройства для топки печей, выходы во двор.

Строили корпус в 1676–1678 годах те же мастера – Федор Григорьев и Григорий Анисимов. В 1721 году здание подверглось первой перестройке, затем к нему пристраивались новые объемы. В ходе реставрационных работ, проведенных архитекторами И. Казакевичем и Е. Жаворонковой, они были удалены.

Еще два сооружения – колокольня и кельи – до сноса гостиницы «Россия» отделялись от собора пандусом подъезда к ее северному входу. Несмотря на то что их сооружение относится к концу XVIII века, они органично вошли в архитектурный ансамбль монастыря. Колокольня была возведена в 1784–1789 годах на основании стоявшей здесь церкви Иакова. Большая арка в нижнем ярусе служила парадным въездом в монастырь.

Собор Знаменского монастыря. Фото 1880-х гг.

Пожалуй, среди старинных зданий Варварки наиболее любопытен дом № 10, известный под названиями «палат бояр Романовых», «палат на верхних погребах» или просто «палат XVI–XVII веков». Здесь и в самом деле давным-давно располагался обширный двор боярского рода, давшего начало царствовавшей более трех веков династии Романовых. Дом № 10 – единственная сохранившаяся с тех времен постройка. Однако интересен он даже не этим, а как один из первых в России примеров научного подхода к реставрации древних памятников зодчества.

В середине XIX века император Александр II проявил интерес к старинному родовому гнезду Романовых. Именно тогда и обратили внимание на неуклюжее сооружение на территории Знаменского монастыря. В 1856 году заведующий Государственным древлехранилищем М. А. Оболенский поручил архитекторам Ф. Ф. Рихтеру и А. А. Мартынову изучить его и составить план с обозначением старинных и более поздних частей. Выполнив поручение, зодчие пришли к выводу, что под позднейшими наслоениями скрывается первоначальная постройка, сохранившая черты, по которым можно было воссоздать ее исходный облик.

Представили архитекторы и эскизные проекты реставрации, дав при этом некоторую волю своей фантазии. В результате проекты заметно отличались друг от друга. Специально созданная Ученая комиссия по возобновлению дома бояр Романовых выбрала работу Ф. Ф. Рихтера. В 1857 году он приступил к разборке поздних пристроек. В ходе разборки были сделаны открытия, дававшие совершенно иное представление не только об отделке, но и об общей композиции палат.

К чести архитектора, он не стал держаться за свои первоначальные наброски, а представил на утверждение новый проект, составленный уже на основании анализа вновь открытых данных, тщательно зафиксированных на чертежах. Тем самым Рихтер впервые в России осуществил три стадии научной реставрации – исходный, приблизительный проект, натурные исследования и окончательный проект.