В 1284 х./1867 г. Духовным управлением Марджани была присуждена степень ахуна и мухтасиба.

В 1286 х./1869 г. казанский губернатор попросил его написать брошюру на татарском языке о защите животных и милосердном отношении к ним. Книга, написанная Марджани, была принята губернатором, и тот отправил Шихабутдин благодарственное письмо с личной подписью. А данная брошюра была напечатана на государственные деньги и распространена среди татар.

В это время авторитет Марджани рос с каждым днём, увеличивалось число близких друзей, а уважение к Ибрахим-баю после ликвидации мусульманских судов, наоборот, уменьшалось. Вдобавок к этому, он затронул самолюбие остальных богачей прихода, которые приходили к нему с просьбой отремонтировать медресе и натыкались на стены безразличия. Тогда самые богатые люди прихода собрали деньги и купили вместе со всеми домами землю, на которой сейчас стоит медресе Марджани. 2 рамадана 1288 х. / 9 ноября 1871 г. ученики покинули медресе Ибрахим-бая и начали жить в одном из этих домов. Когда Ибрахим-бай услышал об этом, он сказал: «Люди прихода бараны, что они смогут сделать без меня?» Эти слова лишь ещё больше подстегнули жителей прихода, и они стали ещё больше заботиться о медресе. Купив и соседний участок, люди присоединили его к медресе.

Марджани, который претерпел много унижений по той причине, что медресе, в котором он работал, было в руках частного лица, от имени людей прихода написал письмо в Духовное управление с просьбой назначить специальных попечителей для присмотра за мечетью, медресе и имуществом, завещанным на благотворительные цели. Он получил ответ, свидетельствующий о том, что государство и Духовное управление назначает попечителей школ, медресе и мечетей[44].

После этого Ибрахим-бай возвёл новое каменное здание для медресе и оповестил Марджани, что шакирды могут заселяться туда. Хотя Марджани и ответил ему, что шакирды переедут в новое здание лишь после полного перехода медресе в распоряжение жителей прихода, Ибрахим-бай не принял это условие. Позже он всё же согласился, но уже жители прихода отказались заселять шакирдов. Для решения этого вопроса Ибрахим-бай даже обращался к инспектору татарских школ и известному востоковеду Радлову, но ситуация осталась без изменений[45].

Следует заметить и следующее: после переезда в новое здание медресе муллы Казани написали в Духовное управление жалобу на Марджани, будто он начал пост в рамадан на один день раньше. Под этим предлогом Управление на полгода лишило его указа и отстранило от обязанностей имама. Естественно, на принятие такого решения повлияли и его отношения с Ибрахим-баем. Позже выяснилось, что в Стамбуле, Харамайне [Мекке и Медине], Шаме, Бухаре начали поститься именно на день раньше, и что Марджани был прав. После проведённого расследования Марджани был возвращён указ.

(Про Ибрахим-бая нужно заметить следующее: какими бы холодными не стали его отношения с Марджани, он никогда не переставал помогать ему материально. Даже когда Марджани был лишён указа, Ибрахим-бай продолжал посылать ему подарки. В этом отношении Ибрахим-бай не изменился. Об этом рассказывает один из родственников Марджани Сафиулла-хазрат. Это тоже немалые старания.)

После этих событий медресе Марджани начинает развиваться, с каждым годом растёт число шакирдов. Спустя несколько лет некоторые части здания немного обветшали и стали непригодными для проживания шакирдов. Тогда богатые люди прихода Марджани и его друзья из других медресе на общие деньги начали строительство каменного здания, ныне известного как медресе Марджани (медресе «Галия»). 13 зу-л-каада 1298 х. / 25 сентября 1881 г. здание было сдано в эксплуатацию, в него заселились шакирды, и начались занятия. Наибольшую помощь в этом деле оказал друг Марджани Сафа-хаджи Галикаев, который вложил в строительство около семи тысяч рублей. Больше всего усилий же приложил заведующий медресе Зайнулла ибн Гусман (Зайни-хаджи), совершивший паломничество вместе с Марджани.