Вернувшись в Бухару, Марджани купил комнату в самом дорогом, красивом и известным своим высоким статусом медресе «Мир-Араб» и стал там жить. Через год к нему приехал брат Садрутдин, и они стали жить вдвоём. В этом медресе Марджани одно лето также был имамом.

Так как в этот приезд в Бухару Марджани уже определился в своих принципах и взглядах, он переехал туда с определёнными целями, и поэтому смог многого добиться.

Приехав в Бухару, Марджани заперся в своей комнате и довольно много времени провёл, читая и исследуя различные произведения. Он получал огромное наслаждение от поисков истины и интеллектуальных занятий. Много часов провёл за книгами, переписал десятки трудов, расширяя свой кругозор и пополняя свою библиотеку. Мы видели много книг, переписанных им самим, когда он вернулся из Самарканда, либо другими людьми по его поручению. Мы видели и книги, которые переписывались коллективно, людьми, имеющими отношения с ним. Судя по почеркам, некоторые книги переписывали сразу 10–15 человек. Все эти труды были очень внимательно перечитаны Марджани, на полях книг, тетрадей и просто на чистых листах он записывал цитаты из них. А когда речь шла о важном и спорном вопросе, он собирал воедино мнения различных авторов и записывал их в одном месте. Увидев множество таких записей и заметок, хранившихся среди его книг, нам стало ясно, что Марджани прочёл множество произведений и старался записать всё, что пробудило в нём интерес и могло в будущем ему пригодиться.

По рассказам его родного брата Садрутдина мы знаем, что у Марджани были две огромные сумки, и он складывал туда записи обо всём увиденном и услышанном. Следовательно, из этого видно, какое значение придавал Марджани собиранию знаний при помощи сравнения и рассуждения.

Путём чтения книг различных учёных, в соответствии с количеством собранных истинных знаний в человеке сама собой развивается и способность искать истину и рассуждать. А люди, обладающие недостаточными знаниями, не способны в полной мере размышлять.

Несколько записей из переписанных Марджани книг и заметок привлекли моё внимание.

Среди записей Марджани информации, касающейся толкования хадисов, намного меньше, чем о вероубеждении, каламе и истории. Судя по списку книг, имевшихся у него в Бухаре, из трудов, посвящённых хадисам, он обладал лишь «Мишкат ал-масабих», а «Сахих Бухари» и «Муватта» взял почитать у других. В одном из личных дневников Марджани пишет, что «Сахих Муслим» он начал читать спустя два года после избрания его имамом.

Должно быть, Марджани уделял больше внимания вероубеждению, каламу и философии, потому что записей и исследований в этом направлении намного больше остальных. Его заинтересованность вероубеждением и каламом известна и из примечаний, написанных Марджани для книг «‘Акида ан-Насафи» и «Мулла Джалал».

Должно быть, потому, что Марджани получал наслаждение от тонкого ума и проницательности, он очень уважал умных и образованных учёных калама и логики, похожих на муллу Джалал ад-дина ад-Даввани и Мирзу Захида. Он переписал множество их книг и трактатов. Также Марджани очень уважал тех, кто обращал внимание даже на маловажные вопросы в области калама и логики. Говоря о своём учителе дамелле Хаджи-бае, он отмечал: «Хорошо понимал произведения ад-Даввани, Мирзы Захида». А как видно из «Вафиййат ал-аслаф», эти люди были в списке тех, кого Марджани любил и уважал.

После возвращения из Самарканда, Марджани жил в Бухаре пять лет. За это время он обучил множество узбекских, туркменских и татарских шакирдов. Тесно сотрудничал с некоторыми выдающимися медресе Бухары, обменивался с другими людьми мыслями по поводу прочитанных книг, участвовал в некоторых собраниях алимов. Среди тех, с кем общался Марджани, был известный нам дамелла Хусаин Каргали и Низам ад-дин ал-Илхами, которого Марджани уважал больше всех. Именно с ним у него были схожие взгляды и принципы. Этот человек был крайне проницателен, справедлив, любил знания и истину. С Марджани впервые они встретились в Самарканде, а приехав в Бухару, четыре года жили вместе. Их вполне устраивали жизненные позиции друг друга. Среди сборников, написанных Марджани в Бухаре, есть и мысли, услышанные им от Низам ад-дина