Реальными угрозами политической и военной сфере безопасности Кыргызстана и Узбекистана стали события в 1999–2000 гг. во время наступления исламских экстремистов. Недееспособность вооруженных сил действовать против террористов в горных условиях в тактических и стратегических операциях привела к значительным человеческим потерям в их рядах. После этих событий Узбекистан полностью заминировал противопехотными минами пограничную с Таджикистаном полосу и больше не пролонгировал Договор о коллективной безопасности. Гражданская война, угрожавшая распаду государства в Таджикистане, основательно могла бы распространиться в регионе по «эффекту домино», так как те причины, которые были исходными в межтаджикском конфликте, в той или иной степени существуют и в других странах Центральной Азии, что является весьма слабым местом в системе региональной безопасности.

В конце 1990-х – начале 2000-х гг. складывающиеся геополитические условия, основанные прежде всего на отсутствии баланса сил сверхдержав, были успешно использованы США, которые пытались навязать мировому сообществу политику формирования однополярного мира и фактического подчинения процесса глобализации своим интересам. В этих условиях у народов и государств, представляющих древнейшие цивилизации, возникла естественная потребность противостоять американскому глобализму, в том числе путем региональной интеграции.

Так, первый саммит Организации, состоявшийся в июне 2001 г. в Шанхае, прошел в большей степени под эгидой решения вопросов обеспечения безопасности в регионе государств-участников. Таким образом, государства – участники Шанхайской организации сотрудничества, и прежде всего Китай и Россия, стали для США фактическим противовесом в мировом геополитическом противостоянии в регионе Центральной Азии и Среднего Востока.

Созданная в июне 2001 г. Шанхайская организация сотрудничества стала представлять собой межправительственную международную организацию, членами которой в настоящее время являются шесть государств: Россия, Китай, Казахстан, Кыргызстан, Узбекистан, Таджикистан. Статус наблюдателя имеют Монголия, Индия, Пакистан, Иран, партнеры по диалогу: Белоруссия, Шри-Ланка. Страны и объединения, получавшие приглашение на саммиты глав государств ШОС: Афганистан, государства – участники СНГ, АСЕАН, ООН, ЕврАзЭС, США.

Еще на первых этапах своего становления в Хартии Шанхайской организации сотрудничества участники определили в качестве основной задачи Организации совместное противодействие «трем злам» – терроризму, сепаратизму и экстремизму во всех их проявлениях^>51.

Дальнейшая ее деятельность по части реализации уставных целей и задач во многом была и остается направленной на то, чтобы создавать благоприятный политический климат в регионе, способствующий росту экономик государств – членов Организации, их взаимодополняемости, становлению независимой геополитической статусности евразийского континентального блока государств в рамках многополярного мира.

Шанхайская организация сотрудничества в том виде, в каком она существует в настоящее время, обладает рядом характерных черт, не свойственных другим региональным интеграционным объединениям и организациям, поэтому траектория ее развития не похожа ни на модель Евросоюза, ни на модель НАТО, ни на АСЕАН.

Проводимая этой организацией деятельность продемонстрировала свою эффективность, когда в 2001 г. практически решила все спорные вопросы, связанные с границами, при этом были также урегулированы и разработаны меры по разоружению вдоль границ, что также способствовало принятию решения о включении Узбекистана в «Шанхайскую пятерку» и само создание Шанхайской организации сотрудничества.