Как художник Рерих работал в области станковой, монументальной (фрески, мозаика) и театрально-декорационной живописи. В 1906 году он создаёт 12 эскизов для церкви Покрова Богородицы в имении Голубевых в Пархомовке под Киевом (арх. Покровский В. А.), а также эскизы мозаик для церкви во имя Святых апостолов Петра и Павла на Шлиссельбургских пороховых заводах (арх. Покровский В. А.) (1906) и Троицкого собора Почаевской лавры (1910), иконостас для церкви Казанской Божией Матери Успенского женского монастыря в Перми (1907), изображение св. Георгия для домовой церкви Ю. С. Нечаева-Мальцова (1911), 4 эскиза для росписи часовни Св. Анастасии у Ольгинского моста в Пскове (1913), 12 панно для виллы Лившиц в Ницце (1914), эскиз росписи «Святая Ольга» (1915).

В монументальной живописи художник тесно сотрудничает с архитектором Щусевым. Некоторые мозаики, созданные по эскизам Рериха мастерской В. А. Фролова, сохранились до наших дней. Для Дома Бажанова в Санкт-Петербурге художник создал монументальный фриз из 19 полотен на темы древних русских былин. В 1913–1914 годах Рерих создает два монументальных панно – «Сеча при Керженце» и «Покорение Казани» для оформления Казанского вокзала в Москве (не сохранились). В 1909–1915 годах участвует в строительстве и оформлении Санкт-Петербургского буддийского храма.

Многогранный талант Николая Рериха проявился также в его работах для театральных постановок: «Снегурочка», «Пер Гюнт», «Принцесса Мален», «Валькирия» и др. Он был в числе создателей реконструктивного «Старинного театра» (1907–1914) – уникального явления в культурной жизни России начала XX века, причём участвовал Н. Рерих выступал и как создатель декораций, и как искусствовед. Во время знаменитых «Русских сезонов» С. Дягилева в Париже (1909–1913) в оформлении Н. К. Рериха проходили «Половецкие пляски» из «Князя Игоря» Бородина, «Псковитянка» Римского-Корсакова, балет «Весна священная» на музыку Стравинского, в котором Рерих выступил не только как создатель костюмов и декораций, но и как либреттист.

С 1905 года в творчестве Рериха, наряду с древнерусской темой, начинают появляться отдельные восточные мотивы. Публикуются очерки о Японии и Индии («Девассари Абунту» 1905, «На Японской выставке» 1906, «Границы царства» 1910, «Лакшми-победительница» 1909, «Индийский путь» 1913, «Заповедь Гайатри» 1916), пишутся картины на индийские мотивы («Девассари Абунту» 1905, «Девассари Абунту с птицами» 1906, «Граница царства» 1916, «Мудрость Ману» 1916 – для теософского центра в Петербурге). Кроме собираемой Рерихом коллекции картин «малых голландцев», появляется коллекция японского искусства. Рерих, помимо русской философии, изучает философию Востока, труды выдающихся мыслителей Индии – Рамакришны и Вивекананды, творчество Тагора, теософскую литературу. Древние культуры России и Индии, их общий источник, интересуют Рериха как художника и как учёного. С 1906 года Рерих дружит и имеет переписку с индологом В. В. Голубевым. В 1913 они обсуждают планы совместной экспедиции в Индию с целью изучения общности русской и индийской культур, проект создания музея индийской культуры в Санкт-Петербурге. Сотрудничает с Агваном Доржиевом и другими российскими буддистами.

С 1906 по 1918 годы Николай Рерих работает директором Школы Императорского общества поощрения художеств, одновременно занимаясь преподавательской работой. Приняв назначение, он увлечённо принялся за работу: расширил территорию школы, открыл новые отделения и классы, восстановил в правах педагогический совет, создал при Школе Музей русского искусства, мечтает о реорганизации Школы ОПХ в Свободную народную академию, или Школу Искусств. При школе организуется ряд мастерских (рукодельная и ткацкая (1908), иконописная (1909), керамики и живописи по фарфору (1910), чеканки (1913) и др.). Иконописную мастерскую возглавил известный иконописец из Мстёры Д. М. Тюлин. При Рерихе увеличилось число женских классов, был создан женский этюдный класс. Были созданы: старшее отделение, класс графики, литографская мастерская, медальерный класс, класс обсуждения эскизов. Введены лекции по анатомии, древнерусскому искусству и зодчеству, занятия хора. Произошли существенные изменения и в учебных программах. Своеобразным отчётом полугодовой деятельности иконописной мастерской стал акт поднесения императору Николаю II 6 декабря 1909 г. иконы, выполненной учениками.