Однако затишье для Булгакова длится не долго. Несмотря на благосклонность первого лица, розни внутри литературно-театральной отрасли так и не утихают. 22 сентября 1926 года Булгакова вызывают на допрос в ОГПУ, где он, среди прочего, произносит: «На крестьянские темы я писать не могу потому, что деревню не люблю. Она мне представляется гораздо более кулацкой, нежели это принято думать. Из рабочего быта мне писать трудно. Я быт рабочих представляю себе хотя и гораздо лучше, нежели крестьянский, но все-таки знаю его не очень хорошо. Да и интересуюсь я им мало. Я очень интересуюсь бытом интеллигенции русской, люблю её, считаю хотя и слабым, но очень важным слоем в стране. Судьбы её мне близки, переживания дороги. Значит, я могу писать только из жизни интеллигенции в советской стране. Но склад моего ума сатирический. Из-под пера выходят вещи, которые порою, по-видимому, остро задевают общественно-коммунистические круги. Я всегда пишу по чистой совести и так как вижу…»

Оставаться в покрасневшей России и иметь возможность резко высказываться на темы подобные тем, что проскакивают в «Собачьем сердце» возможным, конечно же, не представлялось. Повесть, написанная в январе-марте 1925 года, только в июне 1987 впервые доходит до массового читателя, за два года до падения СССР, журнал «Знамя» помещает повесть на своих страницах. Таким образом, повесть кочевала в самиздате больше шестидесяти лет.

Таким образом, в 1926 году Булгаков снова подходит к опасной черте. Если все его предыдущие произведения, так или иначе, не имели политической окраски, то с написанием «Собачьего сердца» он вступает на весьма опасный для своей творческой карьеры путь. Шариков, традиционно воспринимается как гротескный образ люмпен-пролетариата, неожиданно для себя получившего большое количество прав и свобод, однако в то же время быстро обнаруживает в себе эгоистические интересы и способность предавать и уничтожать как своих друзей (уничтожая других бездомных животных), так и тех, кто наделил его новыми возможностями (профессор Преображенский и доктор Борменталь). В подобных пассажах не заметит отвращение автора к режиму разве что слепой. «Собачье сердце» – яркая, не прикрытая политическая сатира на руководство государства середины двадцатых годов. В каждом из персонажей можно заметить отчетливую связь со многими фигурами того времени. Шариков-Чугункин – Сталин (у обоих «железная» вторая фамилия), профессор Преображенский – Ленин (преображавший страну), доктор Борменталь, постоянно конфликтующий с Шариковым – Троцкий, Швондер – Каменев, ассистентка Зина – Зиновьев и так далее. Таким образом, в повести Булгаковым были предсказаны даже массовые репрессии тридцатых годов. Схожие саркастические реплики Булгаков позднее вложит и в уста персонажей «Мастера и Маргариты» – «Он умен, – подумал Иван, – надо признаться, что среди интеллигентов тоже попадаются на редкость умные. Этого отрицать нельзя!»

Не смотря на продолжающиеся противостояния в литературной среде, зимой 1928 года Булгакову все же удается заключить новый договор с МХАТом на написание пьесы под названием «Бег» и уже весной пьеса передается заказчику. «Бег» – не что иное, как вольное продолжение, линии «Белой гвардии», которое писатель так и не смог довести до формата большого классического, строгого романа (а задумывал он изначально роман в трех томах). Однако из-за цензурных преград при жизни писателя пьеса «Бег» так и не была реализована даже несмотря на заступничество Максима Горького. Булгаков в очередной раз начинает шагать по лезвию бритвы. Скандал выходит за пределы профессиональных кругов и снова попадает в руки первого из большевиков. В письме 2 февраля 1929 года Сталин пишет следующее: