Экономическая сфера региональной системы является определяющей по отношению к социальной и взаимосвязанной с организационной, так как социальный уровень жизни целиком зависит от макроэкономических показателей, а степень организации экономического механизма определяет всю региональную политику в целом. К блоку экономических проблем функционирования и развития системных территориальных образований прежде всего, относится угроза сокращения объема валового регионального продукта. В условиях недостаточности финансовых ресурсов наибольший эффект дает селективная региональная экономическая политика, устанавливающая приоритеты в формировании определенного набора отраслей и направленная на достижение основных стратегических целей [137].

Другой экономической проблемой, затрудняющей нормальное развитие региональных социально-экономических систем, является несовершенство экономической инфраструктуры. Инфраструктура в современных условиях может рассматриваться как особый общественно-рыночный институт. Инфраструктура играет ключевую роль в формировании единого экономического пространства со свободным перемещением товаров, трудовых, материальных и финансовых ресурсов на основе правопорядка, установленного и поддерживаемого государством [130]. Экономическая инфраструктура представляет совокупность предприятий, учреждений, организаций, которые обеспечивают стабильное развитие и функционирование рыночного механизма регулирования экономики, непрерывное движение товаров, услуг и разных ценностей в разных сферах общественного воспроизводства [56]. Глобальный экономический кризис диагностировал слабые стороны региональной экономической инфраструктуры в части обеспечения региональной экономики необходимыми ресурсами [109].

Экономические проблемы функционирования и развития региональных социально-экономических систем неизбежно влекут за собой появление социальных проблем, охватывающих спектр демографических, экологических, этно-политических и миграционных аспектов.

Социальная политика – необходимый элемент регионального развития. Сильное социальное неравенство может сдерживать рост и развитие регионов, поэтому поддержка бедных территорий также является важным элементом региональной политики. Однако ее дизайн должен создавать стимулы к собственному развитию, иметь долгосрочные эффекты на стороне предложения, а не краткосрочные эффекты на стороне спроса [79, 84]. Для проведения такой политики необходимы отлаженные механизмы взаимодействия центра и регионов, четко обозначенные приоритеты и ясные критерии отбора получателей помощи.

Основной проблемой социального характера в региональных социально-экономических системах является необходимость повышения уровня жизни населения. Основными тенденциями в России стали: снижение уровня жизни населения, глубочайшая дифференциация населения по имущественному признаку, чрезмерная поляризация доходов. Однако, в большинстве регионов существующая структура экономики не нуждается в трудовых ресурсах с высокой квалификацией, вакантными остаются рабочие места с тяжелыми условиями труда и относительно невысоким заработком [57, 66].

Третьим направлением проблем функционирования региональных социально-экономических систем является организационное. Все строение региональной социально-экономической системы базируется на организационных связях (институтов управления, контроля, регулирования, институциональные взаимоотношения и т. д.), которые в целом представляют собой институциональную инфраструктуру РСЭС, в которой главенствующее место занимает управление.