Следует отметить, что враг встретил именно активное противодействие советского Военно-морского флота. На рассвете 22 июня моряки Северного, Краснознаменного Балтийского и Черноморского флотов организованным зенитным огнем успешно отразили удары немецкой авиации по военно-морским базам Полярный, Кронштадт и Севастополь. Противнику не удалось нанести им урона в корабельном составе. В тот же день черноморская авиация нанесла ответный удар по военно-морской базе Румынии Констанца. Военно-морской флот с первых часов войны активно поддерживал сухопутные войска, особенно при обороне побережья и военно-морских баз с суши[79].

Был организован специальный поиск вражеских подводных лодок. В районе главной базы три пары самолетов МБР-2 во взаимодействии с тремя ударно-поисковыми группами сторожевых катеров осуществляли его ежедневно. При входе на внутренний рейд базы четыре сторожевых катера вели круглосуточное визуальное наблюдение за перископом подводных лодок. Они же прослушивали район шумопеленгаторами. Кроме того, на внешнем рейде были выставлены противолодочные сигнальные сети. Вход на рейд в Северную бухту был защищен тремя линиями бонового заграждения, а для индивидуальной защиты линкора и крейсеров к утру 23 июня непосредственно в Северной бухте были поставлены противоторпедные сети. Воздушную разведку в районе главной базы осуществляли самолеты МБР-2[80].

В 04 ч. 13. мин над Севастополем начали барражировать наши истребители. В пять часов поступило донесение от Дунайской военной флотилии об открытии огня румынскими береговыми батареями по кораблям флотилии и по Измаилу. Ответный огонь флотилии заставил вскоре замолчать многие румынские огневые точки. После отражения налета вражеской авиации и выяснения его последствий комната оперативного дежурного опустела: начальник штаба флота и другие руководящие офицеры штаба разошлись по своим постам для руководства боевыми действиями флота[81].

С утра 22 июня начались действия флота по совершенствованию противовоздушной и противоминной обороны флота. Посты службы наблюдения и связи Главной базы могли доложить только приблизительные места падения мин, да и то далеко не всех. Началось траление севастопольских бухт, главным образом Северной и входа в нее. В тралении, помимо средств охраны водного района Главной базы, принимали участие корабельные катера и моторные баркасы. Траление производилось табельными тралами для траления контактных якорных мин. Необходимо отметить, что опыт первой военной ночи очень быстро был учтен Черноморским флотом. Уже днем 22 июня командир охраны водного района Главной базы флота контр-адмирал В.Г. Фаддеев организовал и выставил посты противоминного наблюдения. В дальнейшем при минных постановках противника с самолетов почти ни одна мина не оставалась незамеченной. На карту наносились точные места их падения, что значительно облегчало траление и уничтожение мин. Одновременно с тралением велись поиски средств и способов, обеспечивающих надежную борьбу с неконтактными минами. С утра же началось и рассредоточение кораблей флота, которое к вечеру было закончено[82].

24 июня при очередном налете на Севастополь фашистам удалось сбросить несколько мин на фарватер. Корабли ОВР протралили фарватер контактными тралами, но безрезультатно. Через несколько часов на этом месте подорвался 25-тонный плавучий кран. Учитывая вероятные маршруты прохождения наших кораблей и судов, противник ставил донные неконтактные мины в мелководных районах, в узкостях, базах и на фарватерах[83].

Во второй половине дня командование и руководящие работники штаба флота перешли на флагманский командный пункт командующего флотом, организованный в базовой автоматической телефонной станции на Телефонной пристани. Там он и оставался до конца обороны Севастополя. Вскоре после отражения налета авиации противника к командующему флотом был вызван командующий авиацией флота В.А. Русаков. Авиация флота 23 июня нанесла ответный удар по базе флота противника Констанце и в дальнейшем вела активные боевые действия. Таким образом, попытка противника застать Черноморский флот врасплох не удалась. От налета вражеской авиации флот не понес никаких потерь и сохранил свободу маневра. Это было достигнуто высокой боевой подготовкой и боевой готовностью кораблей, частей и соединений флота. Элемент внезапности нападения на Черноморский флот не дал врагу ожидаемого эффекта