2 марта 2004 года Сердюкова назначили заместителем министра Российской Федерации по налогам и сборам (министром тогда был Геннадий Букаев). 16 марта, после отставки Букаева в ряду других членов кабинета Михаила Касьянова, Сердюков был назначен временно исполняющим обязанности министра.

Слева направо: Гуркович Арнольд – руководитель УМНС по Ленобласти, Сердюков Анатолий – УМРФО по налогам и сборам СПб, Букаев Геннадий – министр Министерства РФ по налогам и сборам. (Фото: Яковлева Елена)

Анатолий Сердюков

27 июля 2004 года Сердюков стал руководителем Федеральной налоговой службы России (по данным «Коммерсанта», ключевую роль в его назначении сыграл заместитель руководителя президентской администрации, впоследствии – помощник президента Виктор Иванов[4]). В мае 2005 года в Положения о МНС и о Министерстве финансов России был внесен ряд изменений, в результате которых Сердюков как глава службы получил право назначать руководителей межрегиональных, межрайонных, районных налоговых инспекций, а также их заместителей, согласовывая с министром финансов только кандидатуры руководителей региональных налоговых управлений.

СМИ писали о деятельности Сердюкова как руководителя ФНС. Сообщалось, что на этом посту он провел полную перестановку руководителей ключевых в системе службы отраслевых инспекций по крупнейшим налогоплательщикам, заменив их, по большей части, своими коллегами по Санкт-Петербургу. «Коммерсант» писал, что Сердюков при расстановке кадров использовал также технологию «горизонтальной ротации», в частности, поменял местами руководителей четырех инспекций, курирующих предприятия различных отраслей экономики. Практиковал он и назначения чиновников из центрального аппарата на места глав управлений ФНС по субъектам федерации: по мнению издания, таким образом Сердюков хотел покончить с существующей в регионах «клановостью»[5].

Анатолий Сердюков – руководитель УМНС

В августе 2005 года глава службы сообщил президенту о перевыполнении плана по сбору налогов в первом полугодии 2005 года на 238 миллиардов рублей. Сердюков указывал, что основные поступающие в казну налоги – это налог на прибыль (35,8 миллиарда рублей), НДС (79 миллиардов рублей) и налог на добычу полезных ископаемых (НДПИ, 122,8 миллиарда рублей), и утверждал, что результаты по сбору НДПИ и в дальнейшем будут высокими. По окончании встречи с президентом Сердюков пояснил, что значительная прибавка в сборе налогов объясняется как ростом цены на нефть, так и тем, что крупные налогоплательщики стали платить больше. Он назвал это результатом от «эффекта ЮКОСа» и сообщил, что «практически все нефтяные компании уточнили свои цифры по уплате налогов и стали платить достаточно большие суммы»[6].

В том же месяце план по сбору налогов был отменен. Газета «Ведомости», ссылаясь на слова одного из сотрудников ФНС, сообщала, что служба будет выполнять данное ей поручение президента: в очередном послании Федеральному Собранию Путин назвал приоритетом для налоговых органов «проверку исполнения законодательства», а не выполнение «каких бы то ни было планов по сбору налогов». В соответствии с этим, отмечало издание, возглавляемая Сердюковым служба должна была в дальнейшем заниматься исключительно проверкой правильности уплаты налогов[7].

В марте 2006 года в ходе правительственного часа в Государственной Думе Сердюков сообщил о создании межведомственных комиссий для предотвращения выдачи российскими предприятиями зарплаты «в конвертах». По его словам, опыт работы таких комиссий в Москве и Санкт-Петербурге доказал эффективность такой меры: по его словам, официальные зарплаты возросли на многих предприятиях, в том числе на некоторых – примерно в 80 раз (по другим данным – в 8-10 раз