У Арсения Черновича не было выбора. Тысячи беженцев провели зиму 1689-1690 года в исключительно тяжёлых условиях. Они постоянно подвергались нападениям турок и разбойников. Их жильём были вырытые на скорую руку землянки. Летом 1690 года с помощью австрийских войск началось грандиозное переселение тысяч беженцев через реки Дунай, Савву и Тисса в Австрию. Многие беженцы стремясь уйти от ужасов войны, не оседали в Воеводине, а доходили даже до Вены и Буды. Количество беженцев варьирует в разных источниках. Одни хронисты писали, что эмигрировало 20 тыс. сербских семей. Другие авторы утверждали, что число эмигрантов доходило до 70 тыс. человек. Есть сербские источники, в которых говорится о 200 тыс. переселенцах. Современные западные исследователи полагают, что с Арсением вышло чуть более 40 тыс. человек. (4) Среди беженцев большинство составляли сербы, но были также македонцы и православные албанцы. Переселение проходило в исключительно тяжелых условиях. Многие эмигранты погибли в пути от голода и холода или стали жертвами разбойников пока добрались до земель австрийской короны. Однако до полной безопасности было ещё далеко. Война продолжалась ещё почти десять лет, и лишь в 1699 году в городке Сремски Карловцы был заключён мир (Карловацкий мир).

Ещё в начале переселения сербов в Австрию, 18 июня 1690 года, в Белграде собрался собор представителей сербских сословий, постановивший просить у австрийского императора привилегии для сербского народа. Участники собора выработали три документа для представления императору Леопольду: верительную грамоту представителю собора епископу Исайе Джаковичу, в которой сербы признают Леопольда I своим сюзереном и присягают ему на верность, проект будущих привилегий сербскому народу и письмо сербского патриарха Арсения императору, в котором опять же подтверждалось желание сербов видеть Леопольда своим королём. Со своей стороны, сербы хотели получить от императора: 1) свободу вероисповедания; 2) право свободного выбора архиепископа сербской национальности; 3) право сербского архиепископа сохранять свою традиционную власть в тех местах Габсбургской империи, где проживает сербское население; 4) свободу от католической десятины; 5) все православные церкви, которые были освобождены от турков, должны были быть возвращены под власть сербского патриарха; 6) сербский архиепископ мог инспектировать сербские церкви и монастыри. С этими документами епископ Исайя Джакович отправился в Вену, где 21 августа 1690 года им были получены «Сербские привилегии». (5)

Всего сербы получили от императора Леопольда I пять различных актов, гарантировавших права сербского меньшинства в Габсбургской империи. Первым документом было уже вышеупомянутое приглашение, «letterae invitatoriae». Вторым документом стали привилегии от 21 августа, в которых сербы получили право свободного богослужения по православным обрядам и право использовать традиционный старый календарь. Согласно этим привилегиям сербским патриархом мог быть только православный серб, избранный Сербским народным церковным собором. Патриарх имел право назначать всё сербское духовенство от митрополита до священника. Сербы получили право строить новые и ремонтировать старые православные церкви в местах своего проживания. 11 декабря 1690 года сербы получили третий документ, «Протекционный диплом». Четвертым документом стали привилегии от 20 августа 1691 года, в которых за сербским патриархом признавалась не только духовная, но светская власть над сербами. Согласно этим привилегиям патриарх наследовал всем православным сербам, умершим без наследника или без завещания. За сербами было признано право на самоуправление. Последним пятым документом были привилегии от 4 марта 1695 года, по которым сербы были освобождены от выплаты десятины католической церкви. (6)