Возвратившись в Никею, Кылыч Арслан увидел, что вновь взять события под контроль не так-то просто. Дело в том, что после смерти Сулеймана в столице самостоятельно обосновался мятежник-турок по имени Абу-л-Касим, который привел султанат в состояние хаоса. Не замедлил внести свой вклад в нестабильность ситуации и византийский император, который действовал в этом направлении всеми доступными ему методами, кроме открытых военных действий, и к 1096 году все указывало на то, что благодаря всего лишь проводимой им политике будет положен конец правлению Сельджукидов в Малой Азии. И действительно, грекам ситуация казалась настолько благоприятной, что крестоносцы смогли настоять на том, чтобы император присоединился к ним, и они вместе предприняли попытку изгнать мусульман из Малой Азии. При этом крестоносцы преследовали цель вновь открыть для паломников дорогу в Святую землю. В соответствии с этим планом часть войска Первого крестового похода, возглавляемая Вальтером по прозвищу Голяк, отправились изгонять сельджуков из Никеи. Но из-за того, что в войске отсутствовала дисциплина, а его руководство было неумелым, и даже несмотря на то, что у Кылыч Арслана не оставалось времени на то, чтобы должным образом подготовиться к сражению, султану было совсем нетрудно выиграть его. Легкость, с которой он это сделал, в дальнейшем сослужила ему плохую службу, поскольку он стал недооценивать боеспособность войск христиан.

Если бы Кылыч Арслан правильно оценил всю серьезность исходящей со стороны христиан угрозы, он едва ли выбрал бы этот момент для того, чтобы оставить столицу и пойти на восток воевать с Данишмендидом, правившим в регионе Сивас – Кайсери, который, подстрекаемый византийцами, начал наступление на Малатью (Мелитена). Как и сельджуки, Данишмендиды были тюрками. Основатель их династии Тайлу, вероятно, настолько хорошо владел персидским и арабским языками, умел читать и писать на них, что позволяло ему быть учителем, а выбор этой профессии, без сомнения, и объяснял имя, которое носила династия. За двадцать лет, минувших с тех пор, как они впервые появились в Анатолии, придя туда вслед за сельджуками, Данишмендиды стали эмирами региона, куда в конце концов вошли Токат, Никсар, Эльбистан и Малатья и который на северо-западе простирался до Кастамону – колыбели византийской династии Комнинов. К концу века, при Гюмюштегине Малик Гази династия достигла наибольшего расцвета; Данишмендидам удалось распространить свою власть даже на Киликию. Великие Сельджуки отметили это достижение, пожаловав им черный штандарт– символ власти. Таким Аббасиды награждали племенных вождей, ставших их вассалами с правом автономии. Обладание знаменем ставило Данишмендидов в иерархии выше Кылыч Арслана; последний отнюдь не был намерен проигнорировать этот факт, и, кроме того, он хотел отомстить им за былое.

Кылыч Арслан шел на восток на битву с Данишмендидом, не обуреваемый дурными предчувствиями, оставив семью и накопленное добро в, как ему казалось, безопасной Никее. Но не успел он выступить в поход, как к городу двинулось войско крестоносцев под предводительством князя антиохийского Раймонда, сына Роберта Гвискара, а также герцога лотарингского Готфрида Бульонского, Боэмунда Тарентского, князя антиохийского, и Танкреда де Отвиля. 6 мая 1097 года христиане достигли Никеи, но почти 6 километров прочных крепостных стен с 250 мощными башнями, представлявших собой труднопреодолимое препятствие, удержали их от незамедлительной атаки. Они разбили лагерь у стен города и стали ждать подкрепления, которое должны были подвести Стефан Блуасский и Роберт Нормандский, сын Вильгельма Завоевателя и брат короля Англии. Греческая армия во главе с византийским императором стала лагерем в Пелекануме, недалеко от побережья Никомедийского залива.