Греки потерпели сокрушительное поражение, последствия которого стали для них роковыми. Оба военачальника с самого начала понимали важность происходящих событий, и, несмотря на то что через некоторое время император, заплатив выкуп в полмиллиона динаров, получил свободу, с той поры византийцы, упоминая об этом сражении, никогда не называли его иначе как «тот ужасный день». На условия мира Роман согласился тогда, когда еще находился в плену; они были очень жесткими: в дополнение к огромному выкупу за то, чтобы обрести свободу, он был вынужден согласиться на 50-летнее перемирие и на освобождение всех содержавшихся у византийцев узников-мусульман. Но унизительнее всего было то, что при первой необходимости он был должен предоставлять армии Сельджукидов определенную часть своих воинов.

Пока, пребывая в Армении, Роман соглашался на такие условия, в Константинополе Михаил провозгласил себя императором. Новый монарх был совершенно не подходившим на эту роль человеком. По возвращении Романа между сторонниками обоих императоров разгорелась гражданская война. В конце концов сами монархи пошли на секретные переговоры, и, получив гарантии личной безопасности, Роман добровольно отказался от власти. Однако обещанный иммунитет, хотя и гарантированный самыми высокими сановниками государства, никто не собирался предоставлять. По приказу Михаила его ослепили и заточили в монастыре на одном из Принцевых островов, где пребывавший в глубоком отчаянии император через год скончался от ран.

Роман не преувеличивал степень опасности, грозившей Византии с востока, ибо Алп Арслан тоже понял, что победа в Манцикертском сражении открыла сельджукам дорогу на запад. И действительно, он был настолько уверен в конечном результате, что принял решение придерживаться условий договора и любые военные операции на этом направлении отложить на будущее. Вместо запада он обратил свой взор на Туркестан. Предлогом для похода 1072 года в Среднюю Азию, который он возглавил, было устрашение хорезмского шаха, усиление могущества которого не могло не беспокоить сельджуков. Будущее подтвердило справедливость этих опасений, ведь после смерти сына Алп Арслана Малик-шаха хорезмские правители значительно потеснили Великих Сельджуков, а позднее, после того как с последовавшей в 1157 году смертью султана Санджара династия прекратила существование, они создали империю, куда помимо их собственных среднеазиатских владений вошло большинство северных районов Персии.

Оказалось, что в жизни Алп Арслана это была последняя военная кампания. Смерть его была весьма необычной: она настигла его, когда он судил группу пленных, среди которых был и хорезмский военачальник по имени Юсуф. Последнего подвели к султану связанным, и, когда Алп Арслан вынес ему смертный приговор, несчастный стал осыпать победителя оскорблениями. Задетый ядовитыми насмешками за живое, Алп Арслан велел страже ослабить путы Юсуфа и отойти в сторону. Затем султан поднял лук и выпустил в пленника стрелу. Однако в этот момент судьба сыграла с самым метким стрелком того времени злую шутку: его стрела не попала в цель, а в последовавшее за этим мгновение всеобщего оцепенения Юсуф бросился к Алп Арслану и ударом кинжала убил его.

Со смертью Алп Арслана история Великих Сельджуков Персии – они были известны под этим названием, отличавшим данную династию от династий сельджуков, правивших в других государствах, – перестала иметь непосредственное отношение к сельджукам Рума. И это несмотря на то, что двое наследников Алп Арслана – Малик-шах и Баркиярук – на правах старших в роду один или два раза напомнили о влиятельности своей семьи. Тем не менее никакой сколько-нибудь важной роли в истории они не сыграли. Наступало время, когда на ход событий в Малой Азии все более заметное влияние начали оказывать сельджуки Рума, а Великие Сельджуки Персии постепенно стали сходить со сцены и вскоре окончательно ее покинули.