Создание собственного правительства предоставило ему новые возможности в распространении знаний, которые он считал полезными. Семью годами ранее в Китае вышел фундаментальный трактат Хондзо комоку («Основы лекарствоведения»), содержавший описание целебных свойств всех известных китайцам растений и минералов. Его автор исходил из того, что в природе не существует бесполезных для человека веществ, и на этой основе составил лекарственную классификацию всего органического и неорганического многообразия мира. Узнав о трактате, Иэясу в 1605 году распорядился привезти его в Эдо и поручил своему лекарю Катаяма Сотэцу изучить текст и на лекциях рассказать о нём всем обитателям замка. Одновременно с этим он велел собрать в Эдо самых известных врачей и обеспечить им доступ к медицинским трактатам. Говоря современным языком, Иэясу сделал первый шаг к созданию системы медицинского обслуживания, сначала для членов своей семьи, а затем для всех, кто жил в замке Эдо. Несколько десятилетий спустя медосмотры сёгуна и членов его семьи стали проводиться на регулярной основе.
Ящик для лекарств и снадобья, приготовленные Иэясу
В XVI веке в Японии широко распространилось табакокурение. В то время считалось, что табачный дым обладает лечебными свойствами: уменьшает головную боль и помогает при болезнях дыхательных путей. Но Токугава Иэясу это увлечение обошло стороной, он никогда не курил, а став правителем, издал указ о запрете табака. Этот запрет оставался в силе тридцать лет после его смерти и был отменён при третьем сёгуне Иэмицу.
Как и все остальные, Иэясу время от времени болел. После сорока лет у него появился хронический фурункулёз; занимаясь самолечением, он в марте 1585 года едва не умер от заражения крови. Спас его старейшина Хонда Сигэцугу, сделав прижигание неумело вскрытого фурункула моксой из листьев полыни. В июле 1600 года, за два месяца до сражения на равнине Сэкигахара, Иэясу впервые слёг с приступом лихорадки непонятного происхождения; она сопровождалась повышением температуры, слабостью и падением эмоционального тонуса. Такие приступы повторялись у него и впоследствии.
Многие биографы Иэясу отмечают его привычку грызть ногти в моменты высшего напряжения. В детстве она считается признаком повышенной тревожности и со временем проходит, но у него она осталась на всю жизнь. Многие источники упоминают о том, что в день решающего сражения 15 сентября 1600 года командующий восточной армией сильно нервничал и всё время грыз ногти.