За пятнадцать лет фактического нахождения у власти Токугава Иэясу принял ряд важных решений, оказавших огромное влияние на дальнейшее развитие страны. В 1607 году, через девять лет после окончания войны, Япония восстановила отношения с Кореей, подписав с ней мирный договор. Три года спустя Сё Нэй, правитель островного государства Рюкю (современная Окинава), прибыл в Эдо и признал себя вассалом японского императора. В 1609 и 1613 годах при активном участии Иэясу Япония заключила торговые соглашения с Голландией и Англией, а в Хирадо открылись торговые представительства этих стран. Появление новых внешнеторговых партнёров позволило сёгунату приступить к искоренению христианства, распространителями которого выступали португальцы и испанцы, доминировавшие во внешней торговле Японии с середины XVI века. Англичане и голландцы, воевавшие с Португалией и Испанией в Европе, всеми способами стремились выдавить своих противников из страны, убеждая сёгунат в опасности христианской пропаганды. Ликвидации христианства требовало и местное буддийское духовенство.

Кортеж правителя Рюкю (гравюра)

Наступление на европейскую религию плавно перешло в решающую фазу внутренней борьбы за власть, в которой Иэясу тоже одержал победу. Устранив последнюю помеху, он издал четыре административных указа, определивших правила жизни японского общества на многие годы вперёд. Первый документ, известный под названием «одна провинция – один замок» (иккоку итидзёрэй), запрещал провинциальным даймё иметь более одного укрепления в своих владениях и вести без разрешения бакуфу какие-либо строительные работы. Любое самовольное строительство рассматривалось как подготовка к боевым действиям и давало повод для обвинения в измене. Формально действие указа распространялось на всю страну, но фактически он был направлен против западных даймё, поэтому только им его и разослали. Приказы о ликвидации укреплений на землях побеждённых противников издавали в своё время и Ода Нобунага, и Тоётоми Хидэёси, но в масштабе страны такое распоряжение было сделано впервые и стало прологом к установлению мирной жизни. В течение нескольких недель в западной части страны было разобрано или сожжено более четырёхсот укреплений.

В течение следующих двух месяцев вышли ещё три указа с правилами жизни для трёх главных сословий того времени: Букэ сёхатто («Уложение для воинского сословия»), Кинтю нарабини кугэ сёхатто («Уложение для императорского двора и аристократии»), Сёсю сёхондзан сёхатто («Уложение для храмов и духовенства»).

Первый документ состоял из тринадцати пунктов и был подготовлен группой священнослужителей во главе с Исин Судэн (1569–1633), пользовавшимся наибольшим доверием Иэясу. Семь пунктов указа относились к вопросам безопасности (запрет на строительство новых укреплений, политические браки, укрывательство мятежников и т. п.), пять пунктов содержали требования к воинской элите, и один (о паланкинах) адресовался в равной мере всем слоям населения. Этот документ, обращённый к правящему сословию, стал практическим руководством по управлению страной на следующие два с половиной столетия.

Через десять дней после Букэ сёхатто вышло уложение для императорского дома и высшей аристократии. Оно состояло из семнадцати пунктов и представляло собой расширенный вариант пятистатейного распоряжения на ту же тему, написанного ещё в 1613 году. По числу статей уложение повторяло первую японскую конституцию 604 года, составленную Сётоку Тайси. Императорскому дому предписывалось заниматься исключительно классическими науками, литературно-поэтическим творчеством и музыкой, хранить традиции национальной культуры и выполнять жреческие функции. При этом часть его прежних полномочий была передана военному правительству. В частности, смена эпох и девизов правления, присвоение придворных рангов и назначение на должности, ранее объявлявшиеся императором самостоятельно, теперь перешли под контроль