Группа организационных принципов признается основополагающей среди всей системы принципов осуществления правосудия, поэтому существует следующая классификация организационных принципов арбитражного судопроизводства.

Принцип осуществления правосудия только судом (исключительной подведомственности). С принятием арбитражного процессуального законодательства, с созданием системы арбитражных судов вместо системы государственных арбитражей в России правосудие в области экономических, хозяйственно-правовых отношений действительно стало осуществляться только арбитражным судом. Вместе с тем, возможность рассмотрения небольшой категории дел с участием иностранных инвесторов по соглашению сторон в общих судах, а также в третейских судах лишний раз подчеркивает демократичность судебно-арбитражного судопроизводства и не противоречит конституционному началу: правосудие в Российской Федерации осуществляется только судом.

Принцип рассмотрения экономических споров только арбитражным судом (в некоторых случаях – третейским судом) позволяет осуществлять единообразное применение законодательства при разрешении хозяйственных противоречий в области права, применять единый порядок, установленный специальным законом. Кроме того, принцип осуществления правосудия в сфере предпринимательских отношений только арбитражным судом обеспечивает равенство сторон перед законом независимо от их организационно-правовой формы и формы собственности, а также от их подчиненности. Никакие органы власти, кроме суда, не вправе осуществлять правосудие.

Принцип осуществления правосудия в экономической сфере только арбитражным судом гарантирует исследование дела в порядке и способом, предусмотренными законом, в максимальной степени обеспечивающими достижение объективной истины, разрешение экономических споров на основе законности.

Принцип назначаемости судей арбитражных судов на должность. Изначальным организационным принципом арбитражного процесса является принцип назначения судей арбитражных судов. Ранее действовавший Закон РФ от 4 июля 1991 г. № 1543-1 «Об арбитражном суде» (ст. 13) предусматривал образование арбитражных судов на началах выборности. Иное положение было закреплено в ст. 6 Закона РФ от 26 июня 1992 г. № 3132-I «О статусе судей в Российской Федерации» (далее Закон «О статусе судей в РФ»). В настоящее время арбитражные суды формируются иначе и судьи арбитражных судов не избираются, а назначаются на должность.

Существует два пути назначения судей арбитражных судов на должность: одни судьи назначаются на должность Советом Федерации Федерального Собрания РФ, другие – Президентом РФ. Независимо от того, в каком порядке происходит назначение на должность арбитражного судьи, ни одно лицо не может быть представлено к назначению без соглашения соответствующей квалификационной коллегии судей.

Судьи ВАС РФ назначаются Советом Федерации Федерального Собрания РФ по представлению Президента РФ, которое вносится с учетом мнения Председателя ВАС РФ.

Судьи федеральных арбитражных судов округов назначаются Президентом РФ по представлению Председателя ВАС РФ.

Судьи других арбитражных судов назначаются Президентом РФ по представлению Председателя ВАС РФ.

Председатель ВАС РФ назначается на должность Советом Федерации Федерального Собрания РФ по представлению Президента РФ. По представлению Президента РФ, основанному на представлении Председателя ВАС РФ, Совет Федерации Федерального Собрания РФ назначает на должность также заместителей Председателя ВАС РФ и других судей ВАС РФ (ч. 1 ст. 8 ФКЗ «Об арбитражных судах в РФ»).