В это тяжелое время без неутомимости врачей, без ревностного содействия сестер, без распорядительности начальников транспортных команд не было бы никакой возможности подать безотлагательную помощь пострадавшим за отечество. Чтобы иметь понятие о всех трудностях этого положения, нужно себе представить темную южную ночь, ряды носильщиков, при тусклом свете фонарей направлявшихся ко входу собрания и едва прокладывавших себе путь сквозь толпы раненых пешеходов, сомкнувшихся в дверях его. Все стремятся за помощью, каждый хочет скорого пособия, раненые громко требуют перевязки или операции, умирающий – последнего отдыха, все – облегчения и сострадания. Где можно было без деятельных и строгих мер, без неусыпной деятельности найти достаточно места и рук для оказания помощи безотлагательной!.».

Опыт хирурга, полученный Пироговым во время Кавказской и Крымской войн, позволил ему разработать четкую систему организации хирургической помощи раненым на войне. Подчеркивая значение покоя при огнестрельных ранениях, он предложил и ввел в практику неподвижную гипсовую повязку, что позволило по-новому отнестись к хирургическому лечению ран в тяжелых условиях войны. Разработанная Пироговым операция резекции локтевого сустава способствовала в известной мере ограничению ампутаций, которые так страшили солдат. В труде «Начала общей военно-полевой хирургии» (1864), который явился итоговым обобщением военно-хирургической практики Пирогова, он подробно изложил и принципиально разрешил основные вопросы военно-полевой хирургии – вопросы организации, учение о шоке, учение о ранах и прочее. Высказывания Пирогова, касающиеся заражения ран, применения различных антисептических веществ – йодной настойки, раствора хлорной извести, азотно-кислого серебра, во многом предвосхитили открытия английского хирурга Д. Листера, создателя антисептики.

Как врач Пирогов пользовался исключительной популярностью.

Верный клятве Гиппократа он пользовал всех – от безденежных крестьян до придворных царского дома и членов императорской фамилии.

В 1862 году, когда лучшие европейские хирурги не могли определить местоположение пули в теле Джузеппе Гарибальди, раненного при Аспромонте, к раненому был приглашен Пирогов.

«Рана Гарибальди, – писал Пирогов позже, – наделавшая столько шуму в Европе, доказывает, как ясные вещи в хирургической практике иногда кажутся темными. Этот знаменитый случай поучителен для молодых врачей, и я, как очевидец, расскажу его. Целых два месяца самые опытные итальянские, английские и французские хирурги не могли решить наверное, заключала ли в себе рана Гарибальди пулю или нет. Я не видел больного вскоре после нанесения раны и потому не могу сказать, насколько диагноз свежего повреждения был труден; но, судя по множеству других виденных мною случаев, думаю, что тогда едва ли он мог быть сомнителен…»

И далее, описав, как из раны извлекались или сами выходили небольшие кусочки омертвелой фасции, губчатой ткани кости и отдельных фрагментов кожи ботинка, он делал вывод:

«Неужели можно, в самом деле, предполагать, что пуля… могла отскочить назад, пробив кость и вбив в рану обувь и платье? Присутствие пули в ране Гарибальди и без зонда несомненно… Пуля в кости и лежит ближе к наружному мышелку…»

В 1855 году, по возвращению из Севастополя, Пирогов оставил Медико-хирургическую академию. Теперь он был назначен попечителем Одесского, а позже – Киевского учебных округов. Этому не в малой степени помогла публикация известной педагогической статьи Пирогова «Вопросы жизни», вызвавшей широкий интерес у общественности.