С началом постройки новой обсерватории, Струве заказал для нее совершенно новые инструменты, среди них огромный параллактический телескоп с диаметром объектива в 13,5 дюйма. Кроме телескопа, у самых известных европейских мастеров Струве заказал: малый рефрактор и искатель комет – у механика Плесля, гелиометр – у Мерца и Малера, меридианный круг у Репсольда, полуденную трубу и вертикальный круг у Эртеля и у него же – пассажные инструменты и астрономический теодолит; отражательный круг Струве заказал у Пистора, зеркальный секстант у Троутона, хронометры у Кессельса, Тиде, Мусто, Арнольда и Дента, и у них же некоторые метеорологические инструменты.

В 1832 году Струве избрали ординарным академиком Петербургской академии наук со специальным разрешением жить в Дерпте.

В 1839 году он возглавил новую Пулковскую обсерваторию.

«Я испытывал глубокое огорчение, оставляя это милое убежище, товарищей и преданных друзей, – писал Струве, прощаясь с любимой им Дерптской обсерваторией. – Дерптский университет принял меня еще юношей в число своих учеников; он дал мне не только средства приобрести знания, но также открыл мне возможность предаться изучению астрономии. В 1813 году он удостоил меня звания профессора и в продолжении двадцати шести лет постоянно содействовал моим планам, хотя и всегда служившим к славе науки и чести университета, но иногда слишком смелым. Труды мои, свершенные в Дерпте, – мне приятно так думать, – обратили внимание Петербургской академии наук на то, что в области наблюдательной астрономии в России должна наступить новая эра. Кто бы мог гадать раньше, что Дерптская обсерватория сделается родоначальницей Пулковской?.».

В Уставе, принятом Пулковской обсерваторией, было сказано:

«Сооруженная в 17 верстах от Санкт-Петербурга, на Пулковской горе, Астрономическая Обсерватория состоит под непосредственным ведением Императорской Академии наук, и, как центральное в Империи заведение сего рода, именуется Главною Обсерваторией.

Цель учреждения Главной Обсерватории состоит в производстве

a) постоянных и сколь можно совершеннейших наблюдений, клонящихся к преуспеянию Астрономии и

b) соответствующих наблюдений, необходимых для географических предприятий в Империи, и для совершенных ученых путешествий. Сверх того

c) она должна содействовать всеми мерами к усовершенствованию практической Астрономии, в приспособлениях ее к Географии и мореходству, и доставлять случай к практическим упражнениям в Географическом определении мест…»

С необыкновенной полнотой Струве разработал план будущих работ и программу астрономических наблюдений для новой обсерватории. В 1845 году он подробно изложил указанные план и программу, вместе с полным описанием полученных к тому времени инструментов, в сочинении «Описание Пулковской обсерватории».

С гордостью указывал Струве на то, что в Пулковской обсерватории поставлен крупнейший в мире (на то время) ахроматический телескоп-рефрактор, а во всех залах установлены точные звездные часы. К тому времени на обсерватории работал уже гелиометр с разрезанным объективом и фокусным расстоянием в 700 сантиметром. По указаниям Струве для обсерватории были изготовлены все необходимые для качественных наблюдений астрономические инструменты, в конструкцию некоторых Струве часто сам вносил необходимые усовершенствования. А два прибора – большой вертикальный круг и пассажный инструмент для наблюдений в первом вертикале, вполне можно считать инструментами, сконструированными астрономом Струве. Все эти установленные в Пулково приборы были столь совершенны, что астрономы пользовались ими более ста лет, вплоть до того, как фашисты разрушили обсерваторию в 1941 году. Тогда же, к сожалению, погибла в огне богатейшая библиотека обсерватории.