Эпоха Камакура (1185–1336). В 1185 году после победы над кланом Тайра в войне Гэмпей клан Минамото взял власть в стране в свои руки. Затем в 1192 году Минамото Ёритомо стал первым сёгуном – главой сёгуната, или бакуфу (феодального военного правительства) со столицей в своем родном городе Камакура. Слово «сёгун» означало «главный полководец, побеждающий варваров». Раньше этот титул присваивался военачальником только на время конкретного похода, но теперь он стал постоянным, а носивший его человек – вторым лицом в стране после императора. Это было первое из трех военных правительств, правивших страной на протяжении 700 лет, вплоть до 1868 года!

С этим событием в Японии также связывают установление феодального строя и появление военной, управленческой и юридической системы сёгунат, просуществовавшей 675 лет. В 1232 году был введен Дзёэй Сикимоку – свод законов, установивший особую значимость верности слуги господину и предназначавшийся для борьбы с повсеместным падением моральных устоев. В 1274 и 1281 годах Япония пережила две попытки военного вторжения из-за моря, когда монголы Хубилай-хана попробовали ее завоевать. Японские войска нанесли им поражение, причем важную роль в разгроме захватчиков сыграли два неожиданных тайфуна, которые, по мнению японцев, были ниспосланы им богами. Эти суровые будни поставили на повестку дня вопрос о совершенствовании японского оружия и, в частности, тех же самурайских мечей. В результате кузнечные школы в провинции Сагами начали производить мечи, непревзойденные по качеству. Однако в некогда простую и суровую самурайскую жизнь именно в это время понемногу проникла развращающая роскошь, и власть сёгуната ослабела. В конце концов император Годайго с помощью клана Асикага, захватил Камакуру и на какое-то время установил в стране прежнее единовластие императоров.

Эпоха Муромати (1336–1573). Предав императора Годайго, клан Асикага восстановил сёгунат и создал свое собственное правительство с центром в Киото. Однако Годайго сбежал от Асикага на Холм Йосино, около Нара, что привело к тому, что в течение 55 лет (1336–1392) в Японии существовало сразу два императорских двора – «Северный» и «Южный», враждовавших между собой. Это был самый темный и тяжелый период в истории Японии: из-за своей слабости Асикага не могли контролировать многочисленные провинции, в результате чего в стране начался период междоусобных войн (Сэнгоку Дзидай), продолжавшийся более ста лет (1467–1573). В то же время в самом Киото под властью сёгунов Асикага искусства и ремесла продолжали процветать. Причем, во всем подражая клану Фудзивара, Асикага нередко даже превосходили его в роскоши.

Эпоха Адзути-Момояма (1573–1603). Один из полководцев Сэнгоку Дзидай Ода Нобунага – самурай далеко не самых благородных кровей – сумел добиться восстановления порядка в стране, но, не завершив этого дела, был предательски убит. Его продолжателем стал Тоётоми Хидэёси, который закончил объединение страны и железной рукой восстановил в ней закон и порядок после многолетних войн. Будучи низкорожденным, Хидэёси (одни утверждают, что он был простым крестьянином или сыном дровосека, другие считают его выходцем из низшей прослойки самураев – пехотинцем-асигару) никак не мог стать сёгуном, но получил титул регента империи – кампаку, не уступавший титулу сёгуна по значимости. Перед ним сразу возникла необходимость использовать огромную, но ставшую ненужной в мирное время армию самураев, поэтому в 1592 и 1597 годах он предпринял две неудачные попытки вторжения в Корею. Считается, что таким образом он хотел удалить из страны избыток вооруженной силы, которая после объединения страны ему уже больше не требовалась. Столица Хидэёси находилась в Осаке. Традиционные японские искусства и культура в стране процветали, но в то же время среди японцев стали распространяться такие западноевропейские новации, как огнестрельное оружие и христианская религия. И если с оружием «южных варваров», как называли в Японии европейцев, самураи еще мирились, признавая его пользу, то отношение к религии было далеко не однозначным. Правда, приняли ее не только многие крестьяне (которым христианство импонировало еще со времен Римской империи), но даже богатые и могущественные даймё. Однако тот же Хидэёси христианам не доверял, считая, что они подрывают основы самурайской морали, и даже попытался удалить христианских проповедников из страны.