Многие русские военные руководители своевременно предупреждали правительство и лично государя о неотвратимости войны и наиболее вероятном способе ее начала со стороны неприятеля. Первым это сделал контр-адмирал С.О. Макаров, который за десять лет до начала Японской войны в докладе морскому министру вице-адмиралу Ф.К. Авелану указывал, что активные действия японцев против России на Дальнем Востоке, вероятнее всего, начнутся с «нападения на русский флот с целью его уничтожения».

В новой секретной записке начальника кронштадтского порта уже вице-адмирала С.О. Макарова, направленной в Главный морской штаб 8 марта 1900 года, тревожно подчеркивалось:

«Сухопутная оборона Порт-Артура 22 версты, местность крайне пересеченная, и на нее назначают лишь 200 орудий, хотя подкомиссия, проектировавшая вооружение Порт-Артура, требовала 447 орудий. Представляется существенная опасность, чтобы полумера эта не имела пагубных последствий.

Япония, прежде всего, займет Корею, а нашему флоту, оперирующему вдали от баз, будет невозможно помешать высадке японцев в каком угодно месте. Заняв Корею, японцы двинутся к Квантунскому полуострову и сосредоточат там более сил, чем у нас. Падение Порт-Артура будет страшным ударом для нашего положения на Дальнем Востоке».

Это было прозорливо сказано о финале Японской войны в 1905 году флотоводцем С.О. Макаровым в 1900 году, когда многое на будущем театре военных действий можно было поправить.

Как же в Главном морском штабе откликнулись на макаровскую секретную записку? Управляющий Морским министерством адмирал П.П. Тыртов в своей резолюции обвинил будущего героя порт-артурской эпопеи чуть ли не в паникерстве. В тыртовской резолюции, среди прочего, подчеркнуто говорилось:

«…Не могу не обратить внимания адмирала Макарова на его несколько пессимистический взгляд на оборону Порт-Артура».

Аналитический вывод о возможности внезапного нападения на русскую Тихоокеанскую эскадру в месте базирования (в Порт-Артуре) был сделан и на основании стратегической игры, проводившейся в Морской академии в 1902–1903 годах. Однако и этот вывод в виде письменного заключения не был принят во внимание, будучи сдан на хранение в архив. Подобную участь ранее постиг и макаровский доклад морскому министру.

Императору Николаю II подавались для прочтения военным и морским министрами совсем иные доклады о положении дел на Дальнем Востоке и, в частности, в Порт-Артуре. В них не виделось скорой опасности вспышки войны с Японией, тон и содержание были успокоительные: все у нас хорошо, мы на берегах Тихого океана крепки, к нам не сунутся.

Опытного во флотском деле командира Кронштадтского военного порта С.А. Макарова беспокоила и неподготовленность Тихоокеанской эскадры к началу боевых действий. Уж кто-кто, а он знал, что такое повседневная боеготовность броненосного флота, которой он занимался при исполнении должности первого флагмана практической эскадры флота Балтийского моря.

Словно в подтверждение этой озабоченности, младший флагман Тихоокеанской эскадры контр-адмирал князь П.П. Ухтомский писал, что будущий театр военных действий не изучался должным образом. Корабли, «кроме Дальнего и бухты «Десяти кораблей» никуда не ходили», берегов наших не знали». Артиллерийские стрельбы на флоте Тихого океана проволись редко.

Говоря о взаимодействии порт-артурской эскадры с береговой крепостной обороной, тот же контр-адмирал П.П. Ухтомский отмечал, что когда началась война, «наши миноносцы боялись подходить к нашим берегам, опасаясь быть расстрелянными своими же батареями».

Говоря о неподготовленности русского флота на Тихом океане к войне с Японией, командир эскадренного броненосца «Севастополь» капитан 1‑го ранга Н.О. Эссен отметил: «Весь строй нашей судовой жизни очень далек от боевых условий». Еще резче высказался один из русских адмиралов, заявивший, что «наш современный в русско-японской войне флот представлял в смысле тактической подготовки нечто вроде «морской милиции», но не «регулярной» военной силы».