7 сентября 1787 года Кристиан по рекомендации Блая был назначен помощником штурмана на «Баунти».

Описание Блая: «…24 года, 5 футов 9 дюймов ростом, чернявый или очень смуглый цвет лица, темно-коричневые волосы, крепкое телосложение; на левой груди татуировка в виде звезды, также татуирован со спины; его колени смотрят чуть в разные стороны, и его можно назвать кривоногим. Подвержен сильному потению, особенно руки, так что он пачкает все, к чему прикоснется…»

9 марта 1787 года Блай повысил Кристиана в должности и назначил действующим лейтенантом.

По некоторым данным, в июне 1788 года во время стоянки в Фолс Бэй, Капстад (ныне – Кейптаун, ЮАР) Кристиан занял у Блая крупную сумму денег.

После прибытия на Таити Блай назначил Кристиана ответственным за сбор саженцев хлебного дерева. Кристиан был одним из немногих моряков «Баунти», кто практически все время находился на берегу. Насколько известно, таитяне любили помощника штурмана.

После того, как «Баунти» покинула Таити, отношения между Блаем и Кристианом испортились.

25 апреля 1789 года на о. Номука Блай приказал группе матросов под руководством Кристиана отправиться за пресной водой, категорически запретив применять оружие против недоброжелательно настроенных местных жителей. В результате с одной из шлюпок аборигенами был украден тесак.

Придя в бешенство, Блай обвинил в этом Кристиана и в присутствии команды назвал его «трусливым негодяем», который не смог противостоять против безоружных дикарей.

Через два дня Блай, так же публично, обвинил Кристиана в краже нескольких кокосовых орехов, сложенных на палубе. Это несправедливое оскорбление (Блай называл его «проклятым псом» и «вором») стало для Кристиана последней каплей.

Ночью он собирался покинуть судно на самодельном плоту, однако после коротких разговоров с гардемаринами Стюартом и Янгом, изменил свое решение.

Ранним утром 28 апреля 1789 года Кристиан возглавил мятеж против капитана Блая и вместе с несколькими моряками с оружием в руках захватил судно. Блай и еще восемнадцать лоялистов были посажены на судовой баркас и отправлены по воле волн.

28 мая «Баунти» с мятежным экипажем под предводительством Кристиана прибыла на о. Тубуаи (ныне – Южная Группа островов Французской Полинезии), где бунтовщики решили поселиться. Спустя три дня «Баунти» отчаливает с Тубуаи, чтобы вернуться на Таити и забрать с собой женщин и домашний скот.

6 июня «Баунти» возвращается на Таити. Через десять дней, 16 июня, бунтовщики, погрузив на борт свиней, коз, кур, быка и корову, а также взяв с собой своих таитянских подруг и друзей, отплывают обратно на Тубуаи.

В течение двенадцати с половиной недель пребывания на Тубуаи, с 23 июня по 17 сентября 1789 года мятежники пытались обосноваться на острове. Кристиан старался установить добрососедские отношения с местными вождями и одновременно поддерживать дисциплину среди экипажа. Однажды он приказал на сутки заковать в кандалы матросов Куинтала и Самнера за то, что они самовольно покинули «Баунти» и ночевали на берегу.

Мятежники начали строить свою крепость Форт Джордж на северном берегу Тубуаи. Однако конфликты с местным населением побудили их, в конце концов, оставить остров. 17 сентября «Баунти» подняла якорь.

Среди мятежников произошел раскол: большинство из 25 членов экипажа проголосовали за возвращение на Таити. Судно прибыло туда в последний раз 22 сентября 1789 года. 16 моряков вместе с подругами остались на острове, а девять вместе с Кристианом, опасаясь, что на Таити их найдут британские военные корабли, решили плыть на «Баунти» дальше, в поисках последнего пристанища.