В деле благотворительности Прохоровы действовали, так сказать, «частным порядком», всегда отзывались в годы испытаний. Во время японской войны в Омске был устроен большой лазарет и питательный пункт. Им с успехом заведывала Ан. Ал. Прохорова, бывшая там и представительницей Красного Креста. Во время голода 1892 года Ек. Ив. Беклемишева, урожденная Прохорова, открыла в Черниговском уезде столовую для голодающих и больницу для тифозных. Истратила она на это большие средства, и заразилась от своих больных сыпным тифом. Она была очень талантливая скульпторша: ее вещи были во всех музеях и многих частных коллекциях. Ее талант перешел к ее дочери, Клеоп. Вл. Беклемишевой, одной из самых талантливых и любимых скульпторш в эмиграции».

За создание же социальной инфраструктуры для собственных рабочих Николай Иванович Прохоров получил в 1900 году на Всемирной выставке в Париже Орден Почетного Легиона «За заботу о быте рабочих и по санитарному делу».

Огромное значение уделялось подготовки кадров для собственного производства. Денег на это не жалели, а случалось, что Тимофей Прохоров лично обучал рабочих чтению и письму. Пробовал работать со старыми – дело шло туго. Тогда он решил обучат молодежь, что сразу же дало свои плоды. И в 1816 году Прохоров открывает при фабрике первую ремесленную школу для мальчиков, а спустя четыре года – фабрику-школу на Швивой горке. Здесь обучали и набойке тканей, и собственно ткацкому ремеслу, и резьбе по дереву, и смежным профессиям – портновской, сапожной, столярной, слесарной. Давались и теоретические знания.

Тогда он затратил на этот проект все свои свободные деньги – полмиллиона рублей. Но результат не замедлил сказаться, а Тимофей Прохоров вошел в историю как родоначальник ремесленного образования в России.

Тимофей Васильевич прославился также как автор двух трактатов: «О богатении» и «О бедности». В частности, в первом из них он рассуждал о философии благотворительности: «Человеку нужно стремиться к тому, чтобы иметь лишь необходимое в жизни; раз это достигнуто, то оно может быть и увеличено, но увеличено не с целью наживы, богатства для богатства, а ради упрочения нажитого и ради ближнего. Благотворительность совершенно необходима человеку, но она должна быть непременно целесообразна, серьезна. Нужно знать, кому дать, сколько нужно дать. Ввиду этого необходимо посещать жилища бедных, помогать каждому, в чем он нуждается: работой, советом, деньгами, лекарствами, больницей и пр., и пр. Наградою делающему добро человеку должно служить нравственное удовлетворение от сознания, что он живет „в Боге“».

Он же писал своим братьям из Гамбурга, куда ездил перенимать опыт: «Чтобы быть русскому наравне с иностранцами – надо изучить товароведение, курсознание, счетоводство, корреспонденцию, языки, географию, математику. Надобно наперед приучить детей купеческих к постоянному труду, в умеренности к потребностям жизни, к охотному богатению, но без малейшей алчности и зависти, к равнодушию в потерях выгод, но не к равнодушию к потере совести и честного имени, к любопытельности и любознательности, относящимся к нравственности. Не учась, нам, русским, в состязание с иностранными купцами входить невозможно».

Трудно с ним не согласиться.

Впрочем, и сэкономить хозяева фабрики были большие любители. Одна занятная история была описана предпринимателем Н. Варенцовым: «Был случай с Николаем Ивановичем Прохоровым, владельцем Трехгорной мануфактуры, о запрещении спуска отработанных вод с фабрик в Москву-реку генерал-губернатором великим князем Сергеем Александровичем, это запрещение было равносильно закрытию фабрик, а следовательно, прекращению дела. Хотя на фабриках были приняты меры к очищению воды от грязи и красок, но они попадали все-таки в незначительном количестве в реку.