Не церемонился Иван III и со своими братьями. Дабы не опасаться возможных претензий на власть со стороны их потомства, он фактически запретил им это потомство иметь. Из четырёх великокняжеских братьев двое никогда не были женаты и умерли бездетными: Юрий – в возрасте 31 года, Андрей Меньшой – 29 лет. С учётом того, что женились тогда очень рано (сам Иван в 12 лет!), это выглядело явной аномалией. Ещё двое Васильевичей – Андрей Большой Углицкий и Борис Волоцкий – всё же вступили в брак и обзавелись детьми. Они пытались перечить старшему брату и даже поднялись против него с оружием в руках. В сентябре 1491 г. Иван позвал Андрея Большого в Москву для переговоров, где тот был схвачен и посажен в темницу вместе со своими приближёнными. «Приехал на Москву князь Андрей Углецкии. И князь великий его почте [почтил] велми, а назавтрее его поймал. А великому князю брат родной», – осуждал Ивана независимый летописец. Через два года Андрей скончался в тюрьме (великий князь позднее каялся в грехе братоубийства). Два его сына – одному было 14, другому не более семи – также оказались в заточении, лишь младший вышел из него незадолго до смерти. Углицкий удел был присоединён к великому княжению. Бориса Волоцкого великий князь не тронул – видимо, в силу его простоватости: «Брата же своего князя Бориса Василиевичя Волотцскаго и детей его неухыщреннаго их ради нрава не вреди ничим же». Умер в заключении и серпуховской удельный князь Василий Ярославич, шурин Василия Тёмного и дядя Ивана III, внук героя Куликовской битвы Владимира Андреевича Храброго, праправнук Ивана Калиты. Зять отправил его в ссылку, а «в железях» он оказался по воле племянника.
Василий III, у которого долгое время не рождался наследник, также запрещал своим братьям жениться, поэтому трое из них не оставили потомства. Тем не менее старшего – Юрия Дмитровского – сразу после смерти Василия на всякий случай посадили в ту же темницу, которую ранее занимал несостоявшийся государь всея Руси Дмитрий Иванович Внук, там он и преставился через три года «страдальческою смертью, гладною нужею». Самому младшему – Андрею Старицкому – было позволено вступить в брак лишь в возрасте 43 лет. В правление Елены Глинской он, видимо, напуганный участью Юрия, в 1537 г. попытался бежать в Литву, но, увидев, что путь перекрыт, решился на открытый мятеж. Однако до большой битвы дело не дошло – начались переговоры. Великокняжеские воеводы целовали крест князю Андрею на том, что, если он сложит оружие, его отпустят «на его вотчину и сь его бояры и з детми з боярскими совсем невредимо». Поверивший этому обещанию (вероятно, заверенному митрополитом Даниилом) Андрей Иванович, однако, вскоре был взят под стражу и через несколько месяцев «преставися… в нуже страдальческою смертью», под загадочной «шляпою железною». Его жена и сын также подверглись заключению. Старицких бояр прилюдно били кнутом и посадили в одну из кремлёвских башен, где они находились «до великие княгини смерти [в 1538 г.]. А князя Федора Пронского тут в тюрьме не стало».