От русской разведки не укрылись факты покупок японцами подводных лодок в Америке; ей также удалось проследить пути доставки этих судов на Дальний Восток, установить места сборки в самой Японии (они перевозились в разобранном виде), выяснить их вооружение и технические характеристики, ход испытаний и многие другие подробности – заводы-изготовители, фирмы-перевозчики, обслуживающий персонал и т.д.175 Опасения относительно японского подводного флота несколько утихли только в марте 1905 г., когда тот же француз Бале, который имел надежные источники информации в японских военно-морских кругах, сообщил, что опыты японцев с подводными лодками «не привели к удовлетворительным результатам и ни одна из этих лодок не готова к действию»176. В общем, ни у России, ни у Японии тогдашние тихоходные, маленькие, слабо вооруженные и вообще весьма несовершенные субмарины боевого применения в годы русско-японской войны не нашли.
Во второй половине 1904 г. в Петербург стали приходить сообщения, из которых следовало, что Япония готовит какие-то крупномасштабные акции и в других местах, мимо которых могла проследовать русская эскадра – в частности, на африканском побережье. В конце июля 1904 г. японский посол в Гааге писал: «Нам сообщают, что в Трансваале заметно брожение. Если таковое не будет успокоено, то мы не можем рассчитывать на помощь буров»177. В августе 1904 г. Бологовский сумел добыть и представить фотографию одного из японских минных офицеров (поручика Стурамотца), тайно переброшенного в Южную Африку через Гонконг178. В январе 1905 г., ссылаясь на сведения французского Министерства колоний, директор Департамента полиции Лопухин сообщил адмиралу Вирениусу, что «в водах Мозамбика замечены японские миноноски, а также замечено присутствие многих японских агентов, стремящихся поднять восстание на Мадагаскаре против Франции»179. Этим сообщениям, однако, в Петербурге не придали серьезного значения, да и стратегия контрразведывательных операций к тому времени в значительной степени была уже выработана. Их главными направлениями стали охрана эскадры в местах основного базирования, а также в наиболее уязвимых пунктах на пути следования – в балтийских и черноморских проливах, в Суэцком канале, Красном море, а затем и в Батавии, как тогда именовали голландскую Индонезию.
Еще в феврале – марте 1904 г. Морское министерство разработало программу мероприятий по охране российских военных и коммерческих портов в Черном и Балтийском морях. В конце апреля – начале мая 1904 г. Департамент полиции учредил в Петербурге небольшой филерский отряд для наблюдения за иностранными военно-морскими атташе «в помощь адмиралу Рожественскому», который в июле вошел в состав Отделения по розыску о международном шпионстве, созданного тем же Департаментом. 25 мая Рожественский писал своему помощнику по Главному морскому штабу контр-адмиралу А.А. Вирениусу: «По поводу сообщений Павлова и Десино следует, мне кажется, принять серьезные меры. 1). Прежде всего предупредить наши суда в Средиземном море, чтоб не зевали и держали себя везде … на военном положении, не упуская сторожевой службы, заряжения орудий на ночь и должной бдительности как ночью, так и днем. 2). Сообщить Чухнину и Бирилеву, что настало время принимать соответствующие меры во всех портах Черного и Балтийского морей и повышать постепенно настороженность по мере приближения отхода эскадры». Далее адмирал предлагал «разбудить» российские консульства и посольства, а главное – обратиться в Департамент полиции, чтобы за счет Морского министерства командировал тайных агентов «для исследования шведских и норвежских шхер и мелких портов, а также местности по Бельтам и Зунду»