Сразу после событий ГКЧП независимость провозгласили почти все оставшиеся союзные республики, а также несколько автономных вне России, часть из которых позже стали так называемыми непризнанными государствами.

В Молдавии специфика идеологической направленности национального движения состояла в провозглашении тезиса об идентичности молдавского и румынского языков и в призывах к объединению Молдавии и Румынии. В мае 1989 года был создан Народный фронт Молдовы (НФМ), объединивший в себе ряд националистических организаций. 23 июня Верховный Совет Молдавской ССР утвердил Заключение специальной комиссии по пакту Молотова – Риббентропа, в котором создание Молдавской ССР было объявлено незаконным актом, а Бессарабия и Северная Буковина – оккупированными румынскими территориями. На основании Заключения 31 июля президиум Тираспольского городского совета провозгласил, что если Молдавская ССР была создана незаконно, то Левобережье Днестра также было незаконно в нее включено и президиум «не считает себя связанным какими-либо обязательствами перед руководством ССР Молдовы». 7 ноября Народный фронт Молдавии сорвал проведение военного парада в Кишиневе, а 10 ноября был предпринят штурм здания МВД республики, в ходе которого пострадали несколько сотрудников МВД и сторонников НФМ. 27 апреля 1990 года флаг МССР (ныне государственный флаг в непризнанном Приднестровье) над ее парламентом был заменен флагом Румынии (у Молдовы флаг той же расцветки, но с национальным гербом).

Рост молдавского национализма, провозглашение курса на выход из СССР и призывы к объединению с Румынией, введение флага наподобие румынского триколора в качестве государственного, лишение русского языка статуса государственного и перевод молдавского на латинский алфавит вызвали негативную реакцию у жителей Южной и Восточной Молдавии. 12 ноября состоялся Чрезвычайный съезд представителей гагаузского народа, на котором была провозглашена Гагаузская АССР в составе Молдавской ССР, но Президиум Верховного Совета Молдавской ССР отменил решения Чрезвычайного съезда, назвав их антиконституционными. Вслед за этим в конце 1989- начале 1990 года в Приднестровье был проведен референдум об образовании Приднестровской Молдавской Советской Социалистической Республики. 2 сентября 1990 года на II Чрезвычайном съезде депутатов всех уровней Приднестровья была провозглашена Приднестровская Молдавская ССР в составе СССР. Оба образования не были признаны руководством СССР.

6 мая 1990 года вдоль всей реки Прут, разделяющей Молдавию и Румынию, состоялась акция «Мост цветов», в ходе которой жители Румынии пересекли советско-румынскую границу без предъявления каких-либо документов. Вторая акция подобного рода произошла 16 июня 1991 года, когда жители Молдавской ССР пересекли границу в сторону Румынии.

23 июня 1990 года Верховный Совет Молдавской ССР принял декларацию о суверенитете. 19 августа состоялся I Съезд народных депутатов-гагаузов, избранных в советы различных уровней, на котором была принята Декларация о свободе и независимости гагаузского народа от Республики Молдова, провозгласив Республику Гагаузия в составе СССР. 21 августа на чрезвычайном заседании Президиума Верховного Совета Молдавской ССР решение о провозглашении республики было признано незаконным, а проведение съезда депутатов – антиконституционным. В октябре в Гагаузии были объявлены выборы в неконституционный орган, так называемый Верховный совет Гагаузии. Премьер-министр Молдавии Мирна Друк 25 октября с целью сорвать выборы направил в Комрат (так называемый «Поход на Гагаузию») автобусы с волонтерами в сопровождении милиции. В Гагаузии начинается мобилизация, однако прибытие частей Советской Армии предотвратило кровопролитие. 27 августа 1991 года Верховный Совет Молдовы принял Декларацию о независимости и признал незаконной установленную в 1940 году границу с Украиной.