Потерпев поражение, ойраты ушли из Тибета, что усилило влияние Цинской империи в Центральной Азии. После разгрома и изгнания ойратов маньчжуры оставили в Лхасе двухтысячный монгольский гарнизон. Тибетское правительство и новый Далай-лама до 1723 года оказались под контролем его коменданта.

Следующий маньчжурский император, Айсиньгиоро Иньчжэнь, всемерно усиливал свой контроль над Тибетом, хотя с 1723 по 1727 годы осуществлял отвод цинских войск из Лхасы.

С его завершением в Тибете началась междоусобица. Для подавления начавшегося восстания Иньчжэнь направил во второй поход в Тибет 15 тысяч солдат из Сычуани, Шэньси и Юньнани.

К моменту их прихода наследственный аристократ Полонай со своей девятитысячной армией уже стабилизировал положение.

В награду за это он в 1728 году получил княжеский титул и право управления всей страной. Для постоянного контроля над Тибетом Иньчжэнь оставил в Лхасе двух цинских резидентов и тысячный гарнизон.

Внутренние события в Тибете ускорили установление контроля над ним маньчжурами при следующем императоре – Айсиньгиоро Хунли (правил под девизом «Цяньлун»).

Умершему Полханасу в 1747 году наследовал его сын Гьюрмэ-Намгьял.

Стремясь освободиться от маньчжурского контроля, он задумал вооружённое выступление, стал собирать войска якобы для борьбы с ойратами и установил связь с Джунгарским князьями.

В 1750 году маньчжурские наместники убили Чжурмэд-намчжала.

Это привело к народному восстанию в Лхасе и расправе над маньчжурами.

В ответ Хунли организовал третий поход цинских войск на Тибет. В 1751 году, стремясь ещё больше разобщить страну, он передал управление ею уже не двум лицам, а четырём министрам-правителям, подчинив их Далай-ламе. Ханские и княжеские титулы упразднялись.

По всем важным делам министры-правители должны были советоваться с наместниками; права последних расширились, а цинский гарнизон в Лхасе был увеличен. Всякие связи с Джунгарским ханством запрещались. Многие авторы (исходя в основном по китайским источникам) считают, что Тибет стал частью империи Цин, другие доказывают, что он стал зависимым государством, а не «частью Китая».

Тибет не имел собственной чеканной монеты, и пользовался старой непальской (мохар). После завоевания непальских княжеств королевством Горкха, его правитель Притхви Нараян Шах изъял в 1769 году старую и ввёл новую монету.

Начались переговоры о внедрении в Тибете нового мохара и о его курсе, но они не дали результатов.

Тогда правитель Непала и его регент Батур Се в 1788 году начали войну, и разграбили Тибет, но пришедшие на помощь Тибету китайско-маньчжурские войска разгромили непальцев и дошли до Катманду. По заключённому в 1792 году договору непальский правитель обязался не нарушать границ Тибета, вернуть награбленное, и признал себя данником Цинской империи.

Победу над Непалом в 1792 году Хунли и Хэшэнь использовали для укрепления в Тибете маньчжурского влияния.

Цинское наместники получили право участвовать в назначении и смещении министров и чиновников, в контроле над финансами и инспектировании границ, то есть были поставлены в равное положение с Далай-ламой и Панчен-ламой.

Внешние связи Тибета, в том числе переписка Далай-ламы с соседними странами, также оказались в руках цинских наместников. По мнению части авторов, (опирающихся на китайские источники), маньчжурские резиденты превратились из контролёров в соправителей Далай-ламы и Панчен-ламы.

Резко увеличилась численность гарнизонов, состоявших из монгольских и китайских частей. Всё это поставило Тибет под власть маньчжуров. Опасаясь иностранного влияния в Тибете, цинские императоры осуществляли политику его изоляции от внешнего мира.