В результате Скородумов и его окружение были отодвинуты от руководства эмиграцией и корпусом. Уже 14 сентября был запрещен печатный орган русской эмиграции «Русский бюллетень», а его ответственный редактор А. Ланин был взят под стражу^>62. Сам генерал Скородумов также был задержан «до выяснения обстоятельств». По воспоминаниям современников, осенью 1944 г. освобожденный от должности М.Ф. Скородумов публично заявил о том, что уходит с политической и общественной сцены и вернется в РОК рядовым, когда советские большевики придут в Сербию и будут выгонять оттуда немцев. В сентябре 1941 г. это заявление выглядело смешным, но М.Ф. Скородумову представилась возможность сдержать свое слово. До 1944 г. он жил на средства от небольшой сапожной мастерской, а в 1944 г. вновь вернулся в корпус рядовым и в его рядах покинул Сербию. На место М.Ф. Скородумова и его соратников пришли более лояльные кадры – генерал Владимир Владимирович Крейтер, возглавлявший до этого колонию в Нише, стал руководителем Бюро, а генерал Борис Александрович Штейфон (1881 – 1945) стал командиром РОК.

Хотя большинство русской эмиграции было сконцентрировано в сербской части Югославии, в других частях страны также имелось несколько колоний, у которых были свои проблемы. Погромы против православных сербов после провозглашения Независимого государства Хорватия (НГХ) привел к отдельным жертвам среди русских эмигрантов. Тем не менее после немецкого вмешательства ситуация стабилизировалась, и русская эмиграция попала в ситуацию, типичную для русской диаспоры в оккупированных странах. Жизнь эмиграции была упорядочена в рамках единой организации с центром в столице – Загребе. Организация эта имела название: Представительство русской эмиграции при правительстве НГХ, начальником ее был бывший русский императорский консул в Вене и Загребе Георгий Фермин, а его заместителем – начальник русской колонии в Загребе доктор Энгельгардт^>63. Военным отделом, который занимался регистрацией и отбором кандидатов для вермахта и других немецких организаций на востоке, заведовали известные участники Гражданской войны в России, генералы Даниил Павлович Драценко (1876 – 194?) и Иван Алексеевич Поляков^>64. В 1942 г. группа русских священников и монахов даже участвовала в неоднозначном проекте усташских властей по созданию «хорватской православной церкви». Кроме того, вследствие активной деятельности Представительства, наладившего прочные связи не только в верхах НГХ, но и с немецкими властями, эмигранты были возвращены на государственную службу. Это контрастировало с ситуацией в Сербии, где вследствие наплыва беженцев правительство Милана Недича было вынуждено увольнять даже тех русских, кто уже не был эмигрантом и получил югославское гражданство. В Хорватии, как и в Сербии, русская эмиграция прекратила под оккупацией партийную деятельность. Единственным исключением было создание Русского национал-социалистического движения. Крайне малочисленное и экстремистское движение имело, по свидетельству современников, свой партийный значок, бюллетень и отделения в русских колониях в Осиеке, Славонском Броде, Мостаре и Сараеве. Основателем движения был Михаил Александрович Семенов, участвовавший впоследствии в организации эмигрантских полицейских формирований в Сербии и командовавший в конце войны полицейским полком «Варяг», боровшимся против партизан в Словении^>65.

Малочисленные русские колонии остались и в других районах оккупированной Югославии, которая оказалась под властью Германии, Италии, Болгарии и Венгрии. Там русская эмиграция попала в состав эмигрантских организаций стран-агрессоров. Русские эмигранты в итальянской части Словении были объединены в Люблянскую колонию и вошли в состав Союза русских колоний в Италии, во главе которой стоял князь Сергей Романовский (1890 – 1974)