Процесс взаимополезной колонизации края резко ускорился. Приезжие жители стали заниматься земледелием и садоводством не на пустом месте. Здесь издавна были пашни и выгоны для скота. Местные казахи поделились секретами поливного земледелия, которое для приезжих было в новинку, традиционным способам использования пастбищ, местными сортами пшеницы, породами скота. Приезжие в свою очередь принесли сюда свои секреты земледелия, садоводства, пчеловодства, образцы техники. В 1857 году в Татарской слободке была открыта первая водяная мельница. А вошедший в строй в 1858 году первый пивоваренный завод положил начало местной перерабатывающей промышленности.
Благодатный край с теплым климатом чрезвычайно нравился многим переселенцам. «Господи! До переселения сюда я никогда не ела белого хлеба, а только ржаной» – востоженно написала в дневнике одна переселенка.
События в Заилийском край, проникновение русских отрядов, строительство крепостей резко обострили отношения с Кокандом. Коканд укрепляет свои крепости, усиливает гарнизоны.. Однако, в 1858 году произошло восстание казахов против Коканда в районе Аулие-Аты, Пишпека, Шымкента, которое показало, что казахи больше предпочитают русских. Обстановка благоприятствовала России к завершению присоединения всего юга Казахстана и Кыргызстана. Подполковник Шайтанов с отрядом в 900 человек, часть из которых были местные казахи прибыл в долину реки Чу, где был встречен с большим почетом легендарными Суранши-батыром, батыром Шаяном и другими.. Однако решительные военные действия начались в 1860 году, когда отряд полковника Циммермана взял город Токмак, а несколькими днями позже, после пятидневного штурма – Пишпек, главный центр власти Коканда в Чуйской долине.
Кокандский хан направил сюда дополнительные силы в 22 тысячи человек. Пишпек снова оказался в руках кокандцев. Справедливости ради нужно сказать, что казахские батыры не были единодушны в отношении к России. Сын Кенесары Касымова султан Садык активно воевал на стороне Коканда вместе со своими сторонниками.
В октябре 1860 года вблизи Узунагаша под Верным произошла битва русских и кокандцев. Двадцатитысячная (по другим данным 16 тысячная) армия кокандцев потерпела полное поражение от 800 русских и казахов под командованием Г. А. Колпаковского. При этом потери русских составили 2 убитых и 32 раненых. Кокандцы бежали, оставив на поле боя свыше 400 убитых. Такие фантастические результаты сражения были обусловлены глубокой отсталостью Коканда от современной военной техники, стратегии и тактики. Сыграло свою роль и мужество русских солдат и их казахских союзников.
В 1862 году русскими войсками был вторично взят Пишпек (Бишкек). В июне 1864 года началось мощное наступление русских на Аулие-Ату (Тараз)) и Чимкент. Войсками командовал полковник М. Черняев, который умело используя военные и дипломатические методы и сравнительно малой кровью сумел взять этот и другие города, а в июне 1865 года им был захвачен Ташкент – крупнейший политический и экономический центр всего Туркестана. Сюда же подошел и русский экспедиционный корпус, двигавшийся вверх по Сыр-Дарье. Присоединение Казахстана было завершено.
Когда сегодняшние авторы школьных учебников говорят о военной насильственной колонизации, а так же присоединении юга Казахстана путем обмана народа и подкупа знати – это как-то не вяжется с документами. Начали колонизацию действительно военные и завершалась она военным путем. Только вот воевала русская армия не против казахов. Русские с казахами практически не воевали, если не считать отдельных султанов, фанатично ненавидевших Россию и воевавших на стороне Коканда. Они воевали с кокандцами и хивинцами, претендовавшими на полный контроль над южным Казахстаном и Семиречьем и превратившими казахов в своих данников.