Иван Дионисьевич не сочувствовал намерениям своего отца, как это видно по тону письма, и не прочь был сейчас же вырвать своего малютку, на которого, к слову сказать, доселе не обращалось родителями никакого внимания, но дальность расстояния и неудобства путей сообщения заставили его оставить мальчика на руках дедушки до первого удобного случая. Такой случай вскоре представился, и для мальчика безвозвратно миновала пора счастливого детства, пора раздольной жизни под крылом нежно его любившей бабушки и доброй няни. Не зная своих родителей, живя вдали от них, ребенок сжился с окружающими его лицами, которые страстно были привязаны к нему, сроднился с окружающею обстановкой и не с охотою собирался в Петербург к своим родителям и к своим братьям, с которыми его связывало одно лишь кровное родство. «Мне весьма не хотелось» собираться к отъезду, – замечает в своей автобиографии о. Макарий, но не с радостью также расставались с ним бабушка и его няня. Первая «плакала несколько дней», а вторая – «плакала более всех чуть не в голос, обещая навестить ребенка при первом удобном случае».

Из Тулы выехал ребенок вместе с дядею Петром Семеновичем Ложниковым, женатым на Вере Дионисьевне, который ехал в Петербург «для заведения своих дел». Но до Петербурга на сей раз путешественники не доехали. Петр Семенович почему-то раздумал ехать в Петербург и вернулся обратно в Тулу, а мальчик Миша оставлен на время у старшего дяди по отцу Михаила Дионисьевича и прожил здесь в Москве до лета, посещая с своими сверстниками приходское училище у Вознесения, что за Серпуховскими воротами, близ Конной. Летом, после перенесенных потрясений вследствие потери супруги, приехал в Москву Дионисий Иосифович «для исповеди и причащения» вместе с зятем Петром Семеновичем, который на сей раз предполагал привести в осуществление мысль о поездке в Петербург, почему-то, как известно, не состоявшейся почти год тому назад. С этим своим спутником маленький Сушкин и отправился далее в Петербург к родителям.

Холодна и тяжела была встреча сына с родителями, которых он не знал. В своей матери, встретившей гостей на лестнице, он признал лишь «большое сходство с теткою, сестрою матери, девицею Пелагиею, так что почти принял ее за нее». Явившийся в дом отец встретил своего малютку сына официально; поцеловав его, он начал расспрашивать его о здоровье, на что гость отвечал упорным молчанием. Неохотно он отвечал на вопросы своих братьев, облепивших гостя со всех сторон. Его смущение в новой для него семье еще более усилилось, когда он заметил, что братья, слыша частое употребление им слова «энто-то» и видя его неумение держать себя порядочно в обществе, помирали со смеху над ним. Поэтому он долго не мог сойтись с братьями и «дичился» их. Вообще в родной семье он не встретил ни ласк своей покойной бабушки, ни беспредельной любви своей няни, и ему казалось, что он попал «как бы в чужое семейство». Дядя Петр Семенович с которым он приехал, «казался ему роднее всех на свете», а потому весьма естественно на первых порах своей жизни в Петербурге мальчик «одну отраду находит в свидании с дядей, от которого не отступал ни на шаг, когда он бывал дома». Вся обстановка, внешняя и домашняя, чрезвычайно не понравилась новому члену семьи Н. Д. Сушкина: «даже в Москве, по замечанию о. Макария, мне было привольнее, нежели в Петербурге».

Феодосия Петровна, как женщина «набожная» и воспитывавшая своих детей в страхе Божием и в строгом исполнении всех церковных обрядов Православной Церкви, вскоре после первого же свидания с сыном осведомилась у него о его религиозном воспитании в доме дедушки и, к своему огорчению, нашла, что мальчик не имеет никакого понятия о добрых навыках, приличных мальчику христианской благочестивой семьи. Он не знал наизусть ни одной молитвы, а поэтому его как уже «недурно читавшего по-славянски» немедленно засадили за часослов и не ранее позволили оставить его, как он бойко вытвердил начальные листы его до Символа веры включительно.