Японская экспансия на южные Курилы началась намного позже, после создания в 1802 г. в г. Хакодате на Хоккайдо специальной канцелярии по колонизации Курильских островов.

Японская «колонизация» южных Курил сопровождалась сносом русских знаков-крестов (включая и остров Уруп, относящийся к средним Курилам), установленных еще в XVIII столетии в знак принадлежности этих островов России, насильственной высылкой с Итурупа и Кунашира русских промышленников, запрещением айнам торговать и общаться с русскими и установкой на островах собственных знаков-столбов, чего не могут отрицать японские исследователи (Окамото Рюносукэ, Минакава Синсаку, Нумада Итиро, Куно Еси).

Таким образом, выдвигаемый Японией тезис об изначальной «исторической принадлежности южных Курил только Японии» (т. н. «вопрос о северных территориях»), не соответствует исторической действительности и прямо противоречит ей: исторический приоритет в освоении и владении южными Курилами, как и всем архипелагом в целом, принадлежит России.

Начатая после 1802 г. постепенная «колонизация» Японией южных Курил и отсутствие у России достаточных сил и средств для закрепления за собой этих территорий (основные усилия были тогда направлены на развитие и обустройство североамериканских владений России, находившихся под управлением Российско-Американской компании) привели к тому, что к середине XIX века наша страна оказалась постепенно вытесненной с южных островов архипелага.

Однако и в середине девятнадцатого столетия у России сохранялось достаточно прав и оснований претендовать на часть южных Курил, что и было подтверждено русским послом Е. В. Путятиным во время переговоров с японцами в 1853–1854 гг.

К сожалению, сложная обстановка, в котором оказалось посольство Путятина (начало Восточной (Крымской) войны 1853–1856 гг. с Россией коалиции стран в составе Великобритании, Франции и Турции и угроза захвата в этой связи посольства англо-французской эскадрой) и необходимость в этих условиях скорейшего заключения русско-японского договора не дали Путятину возможность до конца отстоять право России на южные Курилы – право, которое японские представители были вынуждены признать в ходе переговоров.

В результате в подписанном 25 января (7 февраля) 1855 г. в г. Симода русско-японском Трактате о торговле и границах, установившем официальные дипломатические отношения между двумя странами, граница на Курильских островах была проведена между островами Уруп и Итуруп. При этом остров Сахалин остался неразграниченным владением России и Японии, хотя последняя располагала поселениями только на самом юге острова, но тем не менее предъявляла претензии почти на всю его южную половину.

Правами на большую часть острова, бесспорно, обладала Россия, что было также признано японскими представителями.

О Сахалине следует сказать особо. Остров еще в XVII столетии был открыт и исследован русскими землепроходцами и с самого начала рассматривался русским правительством как важнейший стратегический пункт, служивший ключом к Амуру и всему Дальнему Востоку в целом. Однако неудачный для нас Нерчинский договор с Китаем в 1689 г. вынудил Россию уйти из районов среднего и нижнего течения Амура, которые уже активно осваивались русскими поселенцами, и надолго закрыл прямой и удобный путь к Сахалину (путь по морю из Камчатки, а позднее через Охотск, был далек и рискован). Приступить к активному освоению острова Россия смогла в первой половине XIX столетия, когда в ходе экспедиций Крузенштерна (1805), Хвостова и Давыдова (1806–1807) и особенно Невельского 1840-х – начала 1850-х гг., Сахалин был подробно исследован, на нем были созданы военные посты и поселения, и начата разработка угольных месторождений. Однако к этому времени на юге Сахалина, в заливе Анива, создали свои поселения и японцы.