5 июня 1572 г. польский король Сигизмунд II Август издал указ о формировании реестрового войска, а точнее, о принятии на королевскую службу 300 казаков, причем не из числа «вольных людей», а из зажиточных хуторян. Командовать над ними был назначен русский православный шляхтич из Белой Церкви Ян (Иван) Бадовский. После организации реестрового войска правительство стало признавать казаком только того, кто был вписан в реестр. За всеми другими поляки не признавали не только казацких прав, но и самого названия «казак».

Фактически указом 1572 г. было создано новое сословие в Речи Посполитой – казацкое. Казачество получило права и привилегии, и даже казаки, временно внесенные в реестр, пользовались этими привилегиями.

Но несмотря на то что реестровые казаки юридически считались сословной группой, за которой закон закреплял определенные права и преимущества, на самом деле так было не всегда. Старосты и местная шляхта не признавали за ними казацких прав, заставляли отбывать разные повинности, платить всевозможные сборы, отнимали имущество, подвергали их таким же притеснениям и унижениям, как и своих подданных. Права казацкой старшины нарушались повсеместно. Старосты и шляхта ущемляли экономические интересы старшины: ограничивали права в торговле, промыслах, корчме. Что же касается королевской власти, то она всегда придерживалась политики «двойного стандарта»: когда появлялась нужда в войске, король призывал крестьян вступать в реестр, а когда такая нужда пропадала, исключал новых казаков из списков.

Поляки терпели реестровые войска по двум причинам: во-первых, содержание реестровых казаков для королевской казны было выгоднее, чем наемных войск. Так, расходы на 6 тысяч казаков были меньше, чем на 600 наемных пехотинцев. А во-вторых, от казаков нельзя было избавиться. В 1577 г. король Стефан Баторий писал крымскому хану: «Мы их не любим и не собираемся беречь, даже наоборот, собираемся ликвидировать, но в то же самое время не может держать там (за порогами) постоянно войско, чтобы им противодействовать».

После прихода к власти в 1576 г. Стефана Батория реестровое войско было распущено. Стефан Баторий не доверял запорожцам и видел в них больше вреда, нежели пользы. Но уже в сентябре 1578 г. Стефан Баторий по универсалу «Соглашение с низовцами» увеличил состав реестра до 600 человек, а в 1583 г. – до 800 человек. Казаки получили во владение земли от Чигирина до городка Трахтемиров в Киевском воеводстве. В Трахтемирове размещались войсковая скарбница (казна), архивы, арсенал, госпиталь, приют для бессемейных инвалидов. Король также вручил казакам клейноды – хоругвь, бунчук, булаву и войсковую печать.

В 1589 г. количество реестровых казаков достигло уже трех тысяч. В основном это были оседлые, семейные, хорошо устроенные казаки, часто обладавшие значительной собственностью. К примеру, завещание некоего Тишки Воловича включало дом в Чигирине, два имения с рыбными прудами, леса и пастбища, 120 ульев и 3 тысячи золотых слитков (из них тысяча в закладе под большие проценты). Нереестровые городовые казаки были существенно беднее реестровых.

В ходе восстания Наливайко в 1591–1596 гг. реестровое казачество польским Сеймом было упразднено. Однако в 1600 г. казаки понадобились ляхам для похода на Молдавию, и ареестр был восстановлен.

В 1602 г. по случаю Ливонского похода (против шведов) реестр был увеличен до 4 тысяч человек. Начав осаду Смоленска в 1609 г., Сигизмунд III довел реестр до 50 тыс. человек, а к 1613 г. он сократился до 30 тысяч.

В 1617 г. Сейм утвердил реестр лишь в тысячу человек, но ради похода на Москву королевич Владислав временно разрешил гетману Сагайдачному увеличить реестр до 20 тысяч.