Примечательно, что уже в эти годы сложился полководческий характер Барклая-де-Толли, четко оформились его нравственные и профессиональные приоритеты. Выходец из бедной семьи, он всего и всегда добивается своими способностями, упорным трудом и добросовестной службой. Все свободное время Михаил Богданович отдавал чтению книг по военной истории и занятиям наукой.
После войны с Польшей Барклай стал командиром 1-го батальона Эстляндского егерского корпуса. При воцарении Павла I батальон был развернут в полноценный полк, а Барклай оказался полковником. Его подчиненные блестяще зарекомендовали себя в войне со Швецией в 1808– 1809 гг. Но еще раньше, в 1799 г., Барклай был назначен шефом полка с чином генерал-майора. Видевший Барклая в деле генерал-фельдмаршал Н. В. Репнин, человек скупой на похвалу, дал ему блестящую характеристику: «Меня уже не будет на свете, но пусть вспомнят мои слова: этот офицер много обещает и очень далеко пойдет». Соперник А. В. Суворова Репнин оказался прав.
Между прочим, среди героев 1812 г. Барклай обладал уникальным наградным листом. Только он и М. И. Кутузов были в ту пору полными георгиевскими кавалерами (имели все четыре степени). 1-я степень (1813 г.) – «За поражение французов в сражении при Кульме»; 2-я степень, Большой крест (1812 г.) – «За участие в сражении при Бородине»; 3-я степень (1807 г.) – «В воздаяние отличной храбрости и мужества, оказанных в сражении против французских войск при Пултуске»; 4-я степень (1794 г.) – «За отличную храбрость, оказанную против польских мятежников при овладении укреплениями и самим городом Вильною». Кроме того, его парадный мундир украшали еще два десятка российских и иностранных наград: Св. Андрея Первозванного (1813 г.), Св. Владимира 4-й степени (1788 г.), 2-й степени (1807 г.), 1-й степени (1811 г.), Св. Александра Невского (1809 г.) и с алмазами (1813 г.), Св. Анны 1-й степени (1807 г.),
Золотой крест за взятие Очакова (1788 г.), Золотой крест за Прейсиш-Эйслау (1807 г.), медаль за взятие Парижа (1814 г.), прусский орден Красного орла (1807 г.), прусский орден Черного Орла (1813 г.), австрийский Военный орден Марии Терезии командор (1813 г.), шведский Военный орден Меча 1-й степени (1814 г.), французские ордена Почётного легиона 1-й степени (1815 г.) и Св. Людовика (1816 г.), нидерландский Военный орден Вильгельма 1-й степени (1815 г.), саксонский Военный орден Св. Генриха 1-й степени (1815 г.), английский орден Бани Большого креста 1-й степени (1815 г.). А также английская шпага с алмазами (1816 г.) и золотая шпага с алмазами и лаврами с надписью «за 20 января 1814 г. – Ла-Ротьер» (1814 г.)
В войне 1805 года с Наполеоном Барклаю участвовать не довелось: войска Л. Л. Беннигсена, в которых он находился, шедшие на соединение с М. И. Кутузовым, уже на марше настигло известие о разгроме союзников под Аустерлицем. Пришлось возвращаться на зимние квартиры. Зато в Польской кампании 1806—1807 гг. Барклай командовал дивизией в армии все того же Беннигсена. Михаил Богданович отличился в сражении под Пултуском в декабре 1806 г., где руководил передовым отрядом из пяти полков (три егерских, Тенгинский мушкетерский и Польский конный). Затем при Янкове (Ионкендорфе), Ландсберге и Гоффе, он, будучи в арьергарде, проявил бесстрашие и хладнокровие. Под Ландсбергом Барклай потерял половину солдат: отступавший с барабанным боем последним Костромской пехотный полк почти полностью полег, вырубленный свежей кирасирской дивизией французов. И все же Барклай выдержал напор почти всей французской армии, ведомой самим Бонапартом, дав возможность Беннигсену собрать силы на позиции под Прейсиш-Эйлау (ныне город Багратионовск Калининградской области). Пока Беннигсен устраивался на выбранной позиции, расставлял батареи, обескровленные полки Барклая стояли до последнего на окраине Прейсиш-Эйлау, отбивая атаки корпуса французского маршала Сульта. Сам Барклай постоянно находился в огне, получил тяжелое ранение в правую руку, но продолжал командовать, пока не потерял сознание и его не вынесли с поля боя под огнем противника.