К моменту смерти митрополита Петра Могилы (1 (11) января 1647) Сильвестр Коссов был архиереем, чей опыт администрирования собственной епархии, а также уровень образования, не вызывали сомнений у представителей высшего православного общества. По-видимому, именно поэтому Сильвестр Коссов оказался единственным кандидатом на вакантную митрополичью кафедру, которую и заполучил в феврале 1647 г. Однако «окормлять» свою паству в мирных условиях, новому митрополиту пришлось совсем недолго: вскоре вспыхнуло казацкое восстание.
Сразу отметим, что вплоть до зимы 1648/49 гг. Сильвестр Коссов, как мог, старался воздержаться от покровительства запорожского гетмана. Его позицию в это время можно охарактеризовать, пожалуй, как вполне объяснимую лояльность по отношению к Речи Посполитой74.
То, что Сильвестр Коссов был расположен к диалогу с польскими властями и несколько раз за время Освободительной войны участвовал в официальных и тайных переговорах с королевскими комиссарами, дало стимул для возникновения разного рода слухов. Так, еще в 1648 г. папский нунций в Речи Посполитой, архиепископ адрианопольский Джованни Торрес сообщал в Рим, что митрополит был готов перейти в унию75. Также у Торреса есть туманное свидетельство, что Сильвестр вместе с архимандритом Иосифом Тризной обсуждал с неким «старшим товарищем (college – sic) греческого вероисповедания» проект создания «княжества Русского»76. Известия, которые посылались нунцием к Апостольскому престолу, как нам кажется, не имели под собой реальной основы. Торрес опирался в первую очередь на письмо Адама Киселя, в котором брацлавский воевода склонял митрополита к сотрудничеству с католической церковью по вопросу унии77. Несмотря на то, что к версии о соглашательской позиции Сильвестра Коссова склоняется такой известный ученый-украинист, как С.Н. Плохий78, необходимо отнестись к эту тезису критически, так как до нас не дошло ни одного сколько-нибудь достоверного сведения о том, что киевский митрополит в то время был готов заключить новое соглашение с католической церковью.
Также следует отметить, что сложные отношения сложились между митрополитом и гетманом. Несмотря на отдельные эпизоды, в которых Коссов выступал в качестве советчика и даже исполнителя воли гетмана, общий «фон» отношений между Сильвестром Коссовым и Богданом Хмельницким оставался напряженным. Пожалуй, главную причину этого, вслед за С. Плохием, можно увидеть в том, что гетман ограничил власть митрополита, который, следуя уже сложившейся могилянской традиции, считал себя (в общем, не без основания) лидером всех православных Речи Посполитой79.
Сложность положения митрополита, с другой стороны, объясняется тем, что часть католического общества Речи Посполитой видела в представителях православного духовенства главных подстрекателей к казацким «бунтам»80.
Неоднозначное отношение Сильвестра к происходящим событиям подтверждают следующие факты. В декабре 1648 г. во время въезда Б. Хмельницкого в Киев, Сильвестр Коссов вместе с киевским духовенством и иерусалимским патриархом Паисием с торжественной речью встречал гетмана. Однако после этого митрополит уехал на тайные переговоры с польскими комиссарами, которых возглавлял Адам Кисель81. Стоит отметить, что результатами переговоров зимой 1648/49 г. стало т.н. Переяславское перемирие, своеобразный «пролог» к Зборовскому договору. Тогда гетман с митрополитом добивались от польской стороны принять соглашение, по которому: 1) униатская церковь должна быть уничтожена на всей территории Речи Посполитой; 2) место киевского воеводы должен был занять человек, исповедовавший православие (в результате воеводой стал А. Кисель); 3) Речь Посполитая должна была согласиться на еще трех православных сенаторов – киевского митрополита, воеводу и кастеляна