Несмотря на действия московского правительства, которые крайне волновали высшее украинское духовенство (регулярные попытки подчинения Киева власти московского патриарха, возможная поставления московских архиереев и священников в украинские епархии, ссылка представителей украинского духовенства в московские монастыри и т.п.) положение киевских духовных лиц под царской властью обладало весомыми преимуществами над теми, которые предлагал Гадячский договор. Во-первых, многие украинские монастыри уже успели получить царские жалованные грамоты на различные маетности. В то же время, вопрос о церковном землевладении и возможном его переделе в пользу католической церкви в Гадячском договоре так и не затрагивался. Во-вторых, киевское духовенство занимало в православном государстве господствующее положение в религиозных институтах. Пафос Гадячского договора, в противоположность этому, предусматривал, что православная церковь так или иначе остается на вторых позициях (в частности, все православные архиереи-сенаторы должны были заседать только после католических епископов своих епархий). В-третьих, резкая перемена внешнеполитического курса Гетманщины негативно отразилась бы на стабильности как в политической, так и в церковной жизни региона.

В 1658 г. наметился определенный раскол в среде высшего украинского духовенства. Митрополит Дионисий Балабан с частью киевских игуменов поддержал Выговского и отправился в Варшаву для обсуждения условий соглашения. Несколько позже нежинский протопоп Максим Филимонович писал в Москву: «митрополит киевский и все владыки и архимандриты, как Тукальский, Василевич игумены и протопопы некоторые до Варшавы к королю на сейм поехали, на нечестивое сборище. Только отец Гизель, игумен межигорский, отец Варнава и отец Клементий Старушич, игумен Выдубицкий неколебимо стоят. А отец Баранович також в Печерском монастыре немощен». Так что, видимо, полную лояльность по отношению к царской власти в то время продемонстрировали две значимые церковные фигуры – Иннокентий Гизель и Лазарь Баранович. Несколько непонятной остаелась позиция виленского наместника Иосифа Нелюбовича-Тукальского.

Тогдашний местоблюститель митрополии Лазарь Баранович практически никак не проявил себя в этом конфликте. В отличие от него архимандрит Иннокентий Гизель активно, так как, по всей видимости, внешнеполитический курс Выговского вызвал у него отторжение. Еще в начале 1658 года Гизель вместе с Иосифом Тукальским. написали в Москву пространное послание, в котором уверяли «нашего же великого князя киевского», как они называли Алексея Михайловича в целесообразности продолжения войны с Речью Посполитой. Тон письма не вызывает никаких сомнений в решимости авторов: «храни ся, – писали архиерея царю, – и всю державу от псов; врагу же твоему не ими веры николиже…»109 Не стесняясь в выражениях, особое внимание Гизель и Тукальский уделили возможному будущему положению униатов: «…ненаказанные супостаты от церкве святыя восточные отпадше, пришедше в чювство, приимут жалость о суетной крамоле своей, и либо с пшеницею – сице с православными смешеся, се есть проклятую ту свою отвергше, в житницу Господню соберутца, либо огнем праведныя ярости [сожжены будут]…»110 Письмо не только обсуждалось на заседании боярской Думы, но имело и другие последствия