Сущность программно-целевого метода заключается в разработке и использовании в теоретической и практической деятельности специальных криминалистических программ исследования события преступления в целом или составляющих его элементов, а также тех внутри- и внешнеструктурных связей, которые могут представлять криминалистический интерес.

Использование этого метода позволяет государственному обвинителю правильно организовать свою деятельность вне зависимости от наличия и характера профессиональных знаний, умений и навыков. Основываясь на имеющейся информации, он выбирает ту или иную программу и с ее помощью определяет, насколько правильно были определены направления расследования, все ли возможные версии были выдвинуты и проверены должным образом, правильно ли определены предмет и пределы доказывания в ходе предварительного расследования, все ли необходимые доказательства собраны, подтверждают ли собранные доказательства выводы предварительного расследования, решает, какие задачи стоят перед ним в ходе судебного разбирательства, какие средства могут быть им использованы в процессе познания события преступления и связанных с ним (или его изучением) обстоятельств.

Особенности использования программно-целевого метода прокурорами, осуществляющими поддержание государственного обвинения, связаны с тем, что кроме задачи исследования объектов познания они должны выполнять и задачу оценки законности и обоснованности самой деятельности по раскрытию и расследованию данного преступления, а также тех выводов, которые были сделаны в процессе указанной деятельности. Сопоставляя собранную по делу информацию (и доказательства) с вопросами (пунктами) программы, прокурор имеет возможность, кроме того, выявить пробелы расследования, определить возможность их восполнения в суде, а также наиболее эффективные пути их восполнения, т. е. выбрать соответствующие тактико-методические средства исследования события преступления в суде в целях обеспечения задач уголовного преследования и назначения уголовного судопроизводства.

Ранее, неоднократно обращаясь к событию преступления, мы рассматривали его не только как систему взаимосвязанных и взаимообусловленных элементов, но и как часть реальной действительности, связанной с ней и отображающейся в ней в той или иной степени. Комплексный подход предполагает исследование события преступления не как обособленного явления, а как составной части сложной картины, включающей события, которые предшествовали преступлению, сопровождали его (во времени или в пространстве), а также последовали за ним.

В ходе уголовного преследования должно быть установлено, каким образом эти события связаны между собой, существуют ли между ними причинно-следственные или только пространственно-временные связи. Если указанный метод был использован в досудебных стадиях, то задача государственного обвинителя существенно упрощается. При таком подходе в ходе предварительного расследования уже установлены и в той или иной степени исследованы события, которые предшествовали преступлению (предкриминальные) либо последовали за ним (посткриминальные). В обвинительном заключении лицо, производившее расследование, уже предложило модель взаимосвязей и взаимозависимостей этих событий. В таком случае государственному обвинителю, исходя из общих правил использования комплексного подхода, остается только оценить полноту и правильность сделанных выводов.

В том случае, когда в ходе предварительного расследования комплексный подход не использовался либо использовался фрагментарно и явно недостаточно, задача государственного обвинителя значительно сложнее. Из материалов уголовного дела следует постараться вычленить информацию о пред- и посткриминальных событиях, исследование которых необходимо для правильного понимания причин и последствий изучаемого преступления. Кроме того, еще в процессе подготовки к участию в судебном разбирательстве государственный обвинитель должен определить, кому может быть известна информация о таких событиях, из каких источников необходимая информация может быть получена.