Третий период освоения Верхнего Енисея начался с 1952 года, когда капитан-наставник Н. Г. Копцев применил новую систему подъёма судов через Большой порог с помощью тракторов. В тот год в Туву ушли теплоходы «Туркменистан», «Хакасия», «Азербайджан», «Герой Гастелло». За навигацию было сделано двадцать два рейса и перевезено 2000 тонн груза. В 1963 году для работы в Туве на Красноярской судоверфи были специально построены суда «Советская Тува» и «Чадан». Они впервые проходили Большой порог своим ходом. В конце того же года в Кызыле побывали теплоходы «Кызыл», «Якутия», «Киргизия». Рейсами в Туву за зерном руководил капитан-наставник С. М. Чемагин с лоцманами Г. П. Пахомовым и И. Г. Бочегуровым.

Революцией на флоте можно назвать большие изменения в связи с переходом в конце пятидесятых годов XX столетия на совмещение профессий на речном флоте.

Грузопассажирский теплоход «А Матросов» построен в Германии в 1953 году

В результате на 30-40 процентов сократили численность плавсостава. Инициаторами этого большого почина выступили Б. А. Загурский и Ю.И. Троицкий, капитан и механик теплохода «Настойчивый», а на пароходах – В. К. Семёнов и Ю. И. Шитиков, капитан и механик парохода «Невельский». В семидесятые годы весь флот, кроме пассажирских водоизмещающих, мощных буксирных теплоходов типа «Красноярский рабочий», ледоколов «Капитан Чечкин», «Капитан Мецайк» и туер «Енисей», был переведён на совмещение, а Подтёсовская РЭБ флота Енисейского пароходства первой по отрасли перешла на прямое совмещение.

Знаменательным событием в истории Енисейского пароходства является освоение реки Пясина, притоков Енисея Подкаменной и Нижней Тунгусок, Ангары, Елогуя, Каса, Сыма, Большой Хеты, Хантайки, Курейки, Верхнего Енисея от Кызыла до Минусинска. Первопроходцами на этих реках были капитаны Е. М. Целищев – потомственный капитан, В. Ф. Жданов (его именем назван рефрижератор «Капитан Жданов»), К. М. Царюк. На теплоходах «Якутия», «Чувашия» и «Карелия» по Подкаменной Тунгуске они впервые без перевалки доставили грузы до Ванавары. Под руководством капитана-наставника Н. И. Деттенборна были перевезены для Усть-Илимской ГЭС рабочие агрегаты, а капитан-наставник В. Г. Эпов долгие годы обеспечивал сплав леса по Ангаре, Касу, Сыму, в 2000 году открыл Большую Хету для перевозки грузов до Ванкора.

В 1965 году была хорошо обустроена и освоена автомобильным транспортом дорога на Кызыл. Острая необходимость перевозки грузов речным транспортом отпала, и такие перевозки в Туву практически прекратились. На базе Кызылского затона в 1974 году было организовано Кызылское районное управление. На его баланс были переданы суда типа МБВ, баржи грузоподъёмностью до 200 тонн, в том числе нефтянки, пять пассажирских теплоходов типа «Заря». Кроме того, туда в 1981 году был доставлен земснаряд, построенный в Чехословакии по заказу МРФ РСФСР, в разобранном виде и собранный специалистами пароходства. В это же время введён в эксплуатацию причал на 30 метров, установлен портальный кран, построены мастерские. Возглавлял в последнее время коллектив Кызылского районного управления Олег Петров. В 1992 году, при подготовке пароходства к акционированию, весь флот, цеха и береговое оборудование Кызылского райуправления были переданы Тувинской АССР. Акционирование этого предприятия проводилось самостоятельно, отдельно от пароходства.

Встреча И. М. Назарова с первым космонавтом Ю. А. Гагариным на теплоходе «Некрасов»в 1963 году

Широкое распространение на Енисее получил групповой метод работы флота. Первая группа из шести буксиров-толкачей начала работать в 1973 году под руководством бригадира – капитана В. И. Туровца. В навигацию 1978 года по бригадному методу работали уже 40 групп судов пароходства. Было широко развёрнуто соревнование между группами за увеличение производительности, нагрузку на единицу мощности, экономию топлива.