После начала 1990-х гг., когда «демократы первой волны» во властных структурах (прежде всего, в структурах представительной власти) принимали законы, облегчающие регистрацию общественных организаций, а также поддерживали их развитие как важной части гражданского общества[23], внимание властей разного уровня к развитию НКО постепенно угасало. На федеральном уровне власть была озабочена в основном формами взаимодействия с политическими партиями, сильной тогда КПРФ, на региональном и местном уровнях у власти также были иные интересы, и сообщество некоммерческих организаций существовало достаточно автономно.

Основными движущими силами развития организаций некоммерческого сектора становились международные, прежде всего, американские организации, а также работающие при их поддержке российские НКО, ставящие своей целью содействие развитию гражданского общества.

В Санкт-Петербурге, например, развитию некоммерческих организаций, организаций третьего сектора были посвящены различные семинары и тренинги, широко проводившиеся в 1994–1996 гг. рядом зарубежных организаций, таких как Национальный демократический институт, Международный республиканский институт и др. В ряде случаев партнерами этих организаций были и петербургские некоммерческие организации, видевшие в качестве своей миссии развитие гражданского общества: например, СПб отделение Международного фонда правовых исследований «Интерлигал» (председатель правления – О. В. Старовойтова), а также СПб гуманитарно-политологический центр «Стратегия».

Во второй половине 1990-х гг. начался и выход активности ряда московских и петербургских организаций за пределы собственно обеих столиц. В качестве показательного примера можно привести проект «Эффективное управление НКО и сбор средств», который реализовали совместно Феминистский ориентационный центр и «Айрекс» при финансовой поддержке Агентства международного развития (США). В рамках этого проекта было проведено по два семинара-тренинга для лидеров НКО в ряде городов Урала, Сибири и Дальнего Востока. Опыт этого проекта был развит в следующем проекте этих же партнеров, уже носящем название «Социальное партнерство»[24].

В этот период диалог НКО и власти в той или иной мере происходил в основном на местном уровне и иногда на региональном. Федеральная власть, как правило, игнорировала НКО, за исключением отдельных случаев. Когда такое взаимодействие происходило, в отличие от ситуации начала 1990-х гг., оно имело место прежде всего с властью исполнительной, так как от нее зависели предоставление помещений для офиса и размер арендной платы. С другой стороны, многие НКО социальной направленности реально участвовали в решении социальных проблем, их представители входили в различные профильные советы, а сами они иногда выполняли проекты по заказам местных и (или) региональных властей. По мере развития опыта систематических встреч представителей власти и лидеров НКО естественным образом возникала и проблема легитимного (законного, общепринятого) представления интересов сообщества НКО перед властными структурами. В качестве способа решения этой проблемы многими рассматривается создание городских и региональных ассоциаций некоммерческих организаций. Однако в российской практике так и не сложился опыт создания таких ассоциаций[25]. Вместо этого имели место попытки создания подобных ассоциаций «сверху», со стороны властных структур, в виде Общественных палат при представителях Президента или в других формах, которые, как правило, оказывались неудачными. Вместе с тем профильные региональные или местные коалиции НКО были более успешными.