Николай Алексеевич так впоследствии комментировал свою отставку: «Канцелярская служба не по мне или я не по ней, как хотите. Мертвое это дело, канцелярия. А тут еще начались гонения на лесной департамент, борьба нашего министерства с министерством финансов. С.Ю. Витте был тогда в полной силе, а наш А.С. Ермолов как-то все ему уступал… Выходило, что мы были в каком-то подчиненном положении у Витте, а это было очень неприятное сознание. Я не выдержал и бросил службу. Но с А.С. Ермоловым я и посейчас в самых хороших отношениях, в самых дружеских…»

Хорошие отношения сохранились у бывшего директора и с другими сослуживцами. 22 сентября 1910 года он получил от них телеграмму: «Дорогой Николай Алексеевич! Уполномоченные по сельскохозяйственной части, собравшись дружной семьей, шлют Вам горячий привет, вспоминая Ваши труды по учреждению института уполномоченных, и искренно уверяют, что основы, положенные Вами, живы и до настоящего времени».

Как и подобает прирожденному общественному деятелю, Хомяков не остался в стороне от земского движения и вновь был избран предводителем уездного дворянства. «Своего предводительства, – говорил он, – не брошу, ни за что не брошу». Смоленская губерния отвечала взаимной любовью; по словам Н.Н. Чебышева, «она носила его на руках». Хомяков присутствовал практически на всех земских съездах, его приглашали на разнообразные совещания. Как и многие другие земцы, с начала Русско-японской войны Николай Алексеевич принял активное участие в помощи раненым, с 1904 года став главноуполномоченным объединенного дворянства по Красному Кресту.

Хомякова почитают умеренным и консервативным: он стоит на правом фланге либеральной оппозиции. И в 1905 году, когда возникли политические партии и не вступить в какую-нибудь из них считалось признаком дурного тона, он, естественно, конституционным демократам предпочел «Союз 17 октября», более того, оказался одним из отцов-основателей октябризма. Н.А. Хомяков возглавил смоленское отделение партии, вошел в ЦК «Союза 17 октября»; в 1906 году был выбран в Государственный совет – верхнюю палату российского парламента. А в 1907-м сложил с себя обязанности члена Государственного совета в связи со своим избранием депутатом Государственной думы второго созыва. Хомяков стал председателем фракции октябристов, а также возглавил Комитет объединенных умеренных и правых партий. Он даже выдвигался на пост председателя II Думы – его кандидатура набрала 91 голос. И все же большинство проголосовало тогда за кадета Ф.А. Головина.

Политическая философия Н.А. Хомякова своеобразна; внутренне неоднородная, при этом она оставалась чуждой догматизму и закостенелости. Развитие местного самоуправления не противоречит принципу самодержавия – такова основная идея политика, по крайней мере до 1905 года. В 1901-м, на совещании земцев, посвященном обсуждению текста записки в адрес императора, Хомяков оказался, по сути дела, единственным, кто поддержал проект видного деятеля Д.Н. Шипова. Сама мысль составить записку пришла тому во время беседы с Хомяковым, так что Николай Алексеевич первым ознакомился с планом председателя Московской земской управы. В тексте, который предложил Шипов, указывалось: «Бюрократический строй, прикрываясь стремлением охранять самодержавие, но в действительности разобщая царя с народом, создает почву для проявления административного произвола и личного усмотрения. Такой порядок лишает общество необходимой уверенности в строгой охране законных прав всех и каждого и подрывает уважение к правительству». Для исправления недостатков существовавшей системы управления важно восстановить доверие общества к власти. Это возможно лишь при свободном и тесном общении самодержца и народа. Для достижения такого «общения» необходимо гарантировать свободу совести, мысли и слова, а также привлечь избранных представителей общественности к законотворческой деятельности.