Предлагаемые Н.С. Мордвиновым преобразования в политической сфере были направлены на достижение двух взаимосвязанных целей. Во-первых, необходимой признавалась реализация на практике принципов верховенства закона и неприкосновенности личности. Работая в Департаменте законов и Департаменте гражданских и духовных дел Государственного совета, он неоднократно лично участвовал в расследовании злоупотреблений со стороны местных властей или органов дознания. Многочисленные примеры нарушений закона в отношении подследственных актуализировали проблему обеспечения личной безопасности посредством юридического закрепления презумпции невиновности. С этих позиций в декабре 1821 года Мордвинов писал: «Свидетельство о невиновности всегда должно быть более уважено, нежели свидетельство о преступлении». Подобное правило должно было предотвратить использование закона для сведения личных счетов или преследования неугодных местным властям граждан.

Одновременно с законодательным оформлением презумпции невиновности Н.С. Мордвинов выступал за соразмерность наказания совершенному преступлению. Чрезмерная жестокость наказания не только противоречила общепризнанным нормам христианской морали, но и не обеспечивала достижение главной цели – предупредить повторение преступных деяний. В данном контексте малоэффективным средством предупреждения преступлений признавались телесные наказания и клеймение лица. Этот способ устрашения не останавливал человека от повторного нарушения закона, а напротив, вновь подталкивал его к совершению преступления, так как причиненные ему увечья формировали негативное отношение к нему окружающих. Подобным образом Николай Семенович критиковал и частичное восстановление практики вынесения смертных приговоров. Аргументируя свою позицию, он не только писал о несовместимости такого наказания с основными христианскими постулатами, но и подчеркивал невозможность с помощью смертной казни снизить количество совершаемых в России преступлений. По его словам, «лишение свободы, прав гражданских и каторжная работа составляют наказание, удерживающее людей от преступлений более, нежели смертная казнь».

Второе направление приложения усилий Н.С. Мордвинова в политической сфере – реформирование системы управления. Первоначально в процессе обсуждения в Государственном совете вопроса о необходимости преобразования Сената Николай Семенович выступал за изменение порядка его формирования. В то время практика назначения сенаторов предопределяла их зависимость от сиюминутной политической конъюнктуры, симпатий и антипатий императора, а также многих других «случайных» факторов. Все это нередко приводило к тому, что при рассмотрении конкретных жалоб и прошений российских подданных одни и те же законодательные нормы трактовались в зависимости от субъективной позиции того или иного сенатора. Для восстановления «силы закона» и одновременно уменьшения вероятности установления деспотического правления или засилья фаворитов целесообразно было введение принципа выборности Сената. В «Мнении о правах Сената» (1801–1802) Н.С. Мордвинов утверждал, что Сенат, призванный стоять на защите законных прав граждан, должен был иметь достаточную для предотвращения злоупотреблений власти поддержку в обществе. Конечно, речь шла не о предоставлении избирательного права неграмотным крестьянам, ремесленникам или купцам. Рассуждая о целесообразности превращения Сената в «тело политическое», автор утверждал, что политические права, концентрированным выражением которых является право избирать и быть избранным, должны принадлежать сословию, обладающему общественным доверием. В современной ему России таким сословием было только дворянство.