Не менее важной задачей, стоящей перед российским правительством, В.П. Кочубей считал сокращение дефицита государственного бюджета и стабилизацию национальной денежной единицы. Непродуманная денежно-эмиссионная политика предшествующих царствований привела к снижению курса ассигнаций, что, по мнению В.П. Кочубея, значительно ухудшило положение российских предпринимателей. Отсутствие финансовых резервов у экономически активной части населения обусловило положение, при котором государство в течение длительного времени не сможет рассчитывать на финансовую поддержку частных лиц в форме каких-либо займов: по словам В.П. Кочубея, «по недостатку доверия к правительству неохотно частные люди вверят капиталы свои». Восстановление доверительных отношений между гражданами и государством в данном контексте представлялось необходимым и взаимовыгодным.

В сложившихся условиях В.П. Кочубей предлагал принять действенные меры по контролю над выпуском новых денежных средств и уменьшению государственных расходов посредством сокращения бюрократического аппарата и армии. В качестве одного из вариантов сокращения военных расходов в мирное время В.П. Кочубей поддержал проект создания военных поселений. В одном из писем А.А. Аракчееву он просил прислать ему «положение о военных поселениях», аргументируя свою просьбу следующим образом: «Успехи опытов воинского поселения не могут не быть приятны всем тем, кои, умея размышлять и зная государство, должны удостоверены быть, что без таковых или иных вспомогательных распоряжений нет никакой возможности содержать от 700 до 900 тысяч войска, всегда готового в продолжение долгого времени». Именно сокращение расходов государства, по мысли Кочубея, позволило бы правительству найти средства для поддержки экономически активной части российского общества. В связи с этим в процессе обсуждения в Государственном совете вариантов решения проблемы дефицита государственного бюджета Кочубей высказывался о нецелесообразности ежегодного повышения налогов и сборов. По его мнению, необходимо было провести детальный анализ расходной части главного финансового документа страны в целях исключения «излишних» затрат государства.

Важным аспектом экономической политики, оказывающим непосредственное влияние на темпы развития экономики страны, Кочубей считал внутреннюю и внешнюю торговлю. По его мнению, любые неоправданные ограничения свободы торговли замедляли движение капиталов в стране и накопление средств для строительства новых предприятий. Особенно важным для поддержания конкуренции, оказывавшей стимулирующее влияние на российских товаропроизводителей, Кочубей считал сохранение «свободного тарифа» во внешней торговле. Конечно, как и большинство современников, он признавал неразвитость российской экономики по сравнению с ведущими странами Европы, но полагал, что конкуренция – «естественное» средство обучения российских предпринимателей с наименьшими затратами производить более качественный товар. Не менее важным аргументом в споре со сторонниками политики протекционизма было утверждение о том, что при свободном тарифе возможны приток иностранных инвестиций и активное заимствование новых технологий.

Будучи крупным земельным собственником, во владениях которого проживало более 15 000 крестьян, Кочубей неоднократно обращался к вопросу о необходимости подготовки к освобождению людей, находившихся в личной зависимости как в помещичьих имениях, так и на фабриках и заводах. Впервые свое негативное отношение к бесправному положению крестьян он озвучил в процессе подготовки (совместно с Н.Н. Новосильцевым и А. Чарторыйским) проекта «Жалованной грамоты российскому народу». Наряду с провозглашением принципа личной безопасности в проекте грамоты была зафиксирована норма, в соответствии с которой предлагалось даровать государственным и крепостным крестьянам право приобретения незаселенных земель. Данная мера должна была стать первым шагом на пути придания крестьянам статуса субъекта правоотношений, а в перспективе позволила бы решить крепостной вопрос посредством ряда новых законодательных актов.